合同到期时间设定为季度末是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律层面

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在订立合同时，享有充分的合同自由，包括合同内容的确定、合同期限的设定等。只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同就是有效的。因此，将合同到期时间设定为季度末，并不违反法律的规定，是合法的。

2. 合同期限的约定：合同期限是合同的重要内容之一，它决定了合同的有效期间。合同期限可以由双方当事人根据实际需要自由约定，可以是固定的期限，如一年、两年等；也可以是不固定的期限，如以某一事件的完成作为合同终止的条件。将合同到期时间设定为季度末，实际上是一种固定期限的约定方式，只要双方当事人达成一致，就是合法的。

实际操作层面

1. 便于管理和计算：将合同到期时间设定为季度末，有助于双方当事人更好地管理和计算合同期限。季度末是一个明确的时间点，便于双方当事人安排合同履行、结算等事宜。同时，季度末也与企业的财务周期、业务周期等相契合，有助于企业更好地进行财务管理和业务规划。

2. 避免纠纷：明确的合同到期时间有助于避免因合同期限不明确而引发的纠纷。如果合同期限约定模糊或不明确，双方当事人可能会对合同何时到期、是否需要续签等问题产生争议。而将合同到期时间设定为季度末，则能够清晰地界定合同的有效期间，减少纠纷的发生。

注意事项

虽然将合同到期时间设定为季度末是合法的，但双方当事人在订立合同时，仍需注意以下事项：

1. 明确约定：双方当事人应在合同中明确约定合同到期时间，并确保该约定清晰、无歧义。避免使用模糊、不确定的表述方式，以免引发争议。

2. 遵守法律法规：在设定合同到期时间时，双方当事人应遵守相关法律法规的规定。例如，某些特定类型的合同可能对合同期限有特殊要求或限制，双方当事人应确保合同期限的设定符合这些要求或限制。

3. 考虑实际情况：双方当事人在设定合同到期时间时，应充分考虑实际情况和需要。例如，如果合同履行需要较长时间或涉及多个阶段，双方当事人可以约定更长的合同期限或分阶段设定合同到期时间。

如果你在合同订立或履行过程中遇到任何问题，或者对合同到期时间的设定有进一步的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。