招标文件付款方式中规定无息付清余款，这一做法主要可能违反了《中华人民共和国民法典》中关于借款合同利息的相关规定，具体分析如下：

1. 借款合同利息的法定性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第六百八十条：“禁止高利放贷，借款的利率不得违反国家有关规定。借款合同对支付利息没有约定的，视为没有利息。借款合同对支付利息约定不明确，当事人不能达成补充协议的，按照当地或者当事人的交易方式、交易习惯、市场利率等因素确定利息；自然人之间借款的，视为没有利息”。这一条款明确了借款合同中利息的法定性，即除非双方有明确约定，否则借款应视为无息。然而，在建设工程招标文件中，若将“无息付清余款”作为付款方式，实际上是在合同层面排除了利息的可能性，这种做法在特定情境下可能引发争议。

2. 建设工程合同的特殊性：

   • 建设工程合同虽不属于典型的借款合同，但其中涉及的工程款支付、垫资等条款，往往与资金借贷有相似之处。若招标文件规定“无息付清余款”，可能被视为对承包方资金成本的忽视。特别是在承包方需要垫资施工的情况下，这种无息条款可能显失公平，因为承包方实际上承担了资金使用的成本。

3. 公平原则与显失公平：

   • 根据《中华人民共和国民法典》中的公平原则，合同双方的权利和义务应当对等。若招标文件中的无息付款条款导致承包方在资金成本上承担不合理负担，而发包方却因此获得额外利益，这种条款可能因显失公平而被法院或仲裁机构调整或撤销。

4. 可能的法律后果：

   • 若承包方认为招标文件中的无息付款条款显失公平，其有权在合同签订前提出异议，或通过法律途径寻求救济。在合同履行过程中，若因无息条款导致承包方遭受损失，承包方可能要求发包方承担相应的赔偿责任。

法律建议：

• 对于发包方而言，在制定招标文件时，应充分考虑承包方的资金成本，合理设定付款方式和利息条款，以避免潜在的法律纠纷。
• 对于承包方而言，在参与招标前，应仔细审查招标文件中的付款条款，评估其合理性和可行性。若认为条款显失公平或存在风险，应及时与发包方沟通协商，或寻求法律专业人士的帮助。

总结来说，招标文件付款方式中规定无息付清余款，虽不直接违反某一具体法律条文，但可能因违反公平原则或显失公平而引发法律争议。因此，在制定和审查招标文件时，双方应充分考虑资金成本、风险分配等因素，以制定合理、公平的付款条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。