招标文件不设定付款方式是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律要求

根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》(财政部令第87号)第二十条第(十)款规定，采购人或者采购代理机构应当根据采购项目的特点和采购需求编制招标文件。招标文件应当包括采购资金的支付方式、时间、条件。这意味着，项目采购资金的支付方式应当在招标文件中就明确，不能在签订合同时再与中标人商定。确保招标文件中包含明确的付款方式是遵守政府采购规定的重要一环，这不仅有助于供应商在投标时做出准确评估，也有利于后续合同的顺利执行。

二、实际操作中的影响

1. 对投标方的影响：

   • 付款方式不明确可能导致投标方在评估项目成本和风险时面临不确定性，从而影响其投标决策。
   • 投标方有权要求招标人澄清付款方式，并在必要时在投标文件中合理推测并说明，但这种自行设定存在风险，因为最终合同付款方式仍需双方协商确定。

2. 对招标方的影响：

   • 付款方式不明确可能引发后续纠纷，影响项目的顺利推进。
   • 招标人应及时澄清付款方式，并在与中标方签订合同时，将付款方式作为重要条款进行明确和细化，以避免在项目实施过程中因付款问题产生纠纷。

三、建议与措施

1. 对于招标方：

   • 在编制招标文件时，应明确包括付款方式、时间、条件等关键信息。
   • 收到投标方关于付款方式的疑问后，应尽快以书面形式进行详细、明确的澄清和答复。
   • 在与中标方签订合同时，必须将付款方式作为重要条款进行明确和细化。

2. 对于投标方：

   • 有权要求招标人澄清付款方式，并在规定时间内以书面形式提出疑问。
   • 若等待招标人澄清的时间紧迫且未收到及时答复，可在投标文件中自行设定合理的付款方式，但应详细说明设定依据，并注意这种自行设定存在的风险。
   • 可考虑在投标文件或后续合同中提议增加预付款、进度款等保障条款，以降低风险。

总结来看，招标文件不设定付款方式是不合法的，且可能给投标方和招标方带来不必要的风险和纠纷。因此，建议招标方在编制招标文件时明确包括付款方式等关键信息，投标方也有权要求招标人澄清并在必要时采取合理措施以降低风险。如果您在建设工程合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。