企业采购招标文件中的付款方式是可以在合同中进行约定的，且这种做法是合法且常见的。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律合规性角度：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关法律法规，招标文件是招标活动的重要法律文件，其中包含的付款方式等条款，在投标人响应并中标后，会成为合同的重要组成部分。
   • 只要招标文件中的付款方式不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方当事人在平等、自愿的基础上达成一致，就可以在合同中明确约定。

2. 合同约定必要性角度：

   • 付款方式是合同中的关键条款之一，它直接关系到双方当事人的资金流动和利益分配。在招标文件中明确付款方式，有助于投标人准确评估项目风险，制定合理的投标策略。
   • 在合同中进一步细化或确认招标文件中的付款方式，可以确保双方对付款条件、付款时间、付款方式等有清晰、一致的理解，从而避免后续履行过程中的争议。

3. 实际操作建议角度：

   • 在编制招标文件时，应尽可能详细、明确地描述付款方式，包括但不限于预付款比例、进度款支付条件、尾款支付时间等。
   • 在签订合同时，双方应仔细核对招标文件中的付款方式条款，确保合同中的约定与招标文件一致。如有需要，可以在合同中对招标文件中的付款方式进行补充或细化。
   • 双方应保留好与付款方式相关的所有书面文件，如招标文件、投标文件、合同等，以备后续查证和纠纷解决之需。