未按照招标文件约定的支付方式签订合同，可能面临合同效力争议、违约责任承担以及行政监督处罚等后果，具体处理方式需结合实际情况判断。以下从不同角度展开分析：

1. 合同效力争议

• 若支付方式条款被认定为“实质性内容”：根据《招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且“不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。支付方式通常属于合同核心条款（如工程款支付进度、方式等），若未按约定签订，可能被认定为“背离实质性内容”，导致合同部分条款无效或整体效力受质疑。
• 例外情形：若双方能证明未按约定签订支付方式系因客观原因（如银行系统限制、政策调整等），且未损害其他投标人利益，可能通过协商补充协议或法院/仲裁机构认定条款有效。

2. 违约责任承担

• 招标人责任：若招标人未按约定支付方式履行（如拖延支付、变更支付条件），中标人可依据《民法典》第五百七十七条要求其承担违约责任，包括继续履行、赔偿损失等。
• 中标人责任：若中标人拒绝按约定签订支付方式条款，招标人可依据《招标投标法实施条例》第七十五条没收投标保证金，并要求赔偿因重新招标产生的损失。

3. 行政监督与处罚

• 监管部门介入：若未按招标文件签订合同的行为被举报或发现，县级以上地方人民政府住房城乡建设、交通运输、水利等部门可依据《招标投标法》第五十九条责令改正，并处以罚款（对单位罚款金额为项目合同金额的5‰-10‰，对个人罚款为单位罚款数额的5%-10%）。
• 信用惩戒：严重违规行为可能被记入信用档案，影响企业参与后续招投标活动的资格。

4. 实务建议

• 招标人：在招标文件中明确支付方式为实质性条款，并在合同签订前严格审核中标人提交的合同文本，避免歧义。
• 中标人：中标后应仔细核对招标文件与投标文件中的支付方式条款，如需变更，需通过书面补充协议明确，并留存沟通记录。
• 争议解决：若发生纠纷，优先通过协商解决；协商不成，可依据合同约定申请仲裁或提起诉讼，注意收集招标文件、投标文件、中标通知书等证据。

提示：具体案件需结合招标文件内容、合同实际履行情况、双方过错程度等因素综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。