中标后，招标文件里约定的付款方式一般应按照合同约定执行，但具体处理方式需结合实际情况，分以下几种情况说明：
直接按招标文件约定执行
若中标通知书发出后，招标人与中标人签订的书面合同中，付款方式条款与招标文件完全一致（包括付款节点、比例、条件、逾期责任等），则双方应严格按合同履行。例如：招标文件约定“验收合格后支付90%货款，剩余10%作为质保金”，合同中若未修改该条款，则需按此执行。
法律依据：根据《招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且“不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。付款方式属于合同实质性内容，擅自修改可能面临行政处罚（如责令改正、罚款）或承担违约责任。
合同与招标文件不一致时的处理
若合同中付款方式与招标文件存在差异（如付款比例调整、付款条件放宽），需区分两种情形：
- 经双方协商一致且不损害第三方利益：若变更内容未违反法律强制性规定（如未突破财政预算限制、未损害其他投标人权益），且双方签署补充协议明确变更，通常可认定为有效。但需注意，若项目涉及政府采购或必须招标项目，变更可能需履行审批程序（如财政部门备案）。
- 未协商一致或损害第三方利益：若中标人单方面要求修改付款方式，或招标人以不平等条件强制变更，可能构成违约。此时另一方可依据《民法典》第五百七十七条要求继续履行、赔偿损失，或解除合同并主张违约金。
特殊情形下的付款方式调整
- 不可抗力或情势变更：如因政策调整、自然灾害等导致原付款方式无法履行，双方可协商变更合同，但需提供充分证据（如政府文件、灾害证明）。
- 招标文件存在歧义或漏洞：若招标文件对付款方式约定模糊（如“按行业惯例支付”），双方可补充约定具体条款，但需避免显失公平。例如：可参考《民法典》第四百九十六条对格式条款的解释规则，优先保护相对方利益。
实务建议：
- 中标后签订合同前，务必核对招标文件与合同条款的一致性，尤其关注付款方式、违约责任等核心条款；
- 若需变更付款方式，建议通过书面补充协议明确，并留存协商过程的证据（如邮件、会议纪要）；
- 涉及政府采购或大型基建项目时，变更付款方式可能需报原审批部门批准，需提前咨询相关部门。
如有具体合同条款或争议场景，可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的分析。