结论：已退违法所得但证据链不足的情况下，检察院仍有可能提起公诉，但证据的充分性会影响公诉的成立及案件的最终走向。

分析说明：

1. 公诉的提起与证据要求：

   • 检察院提起公诉的基本条件是认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任。这里的“证据确实、充分”是关键，它要求证据不仅要有，而且要能够形成完整的证据链，足以证明犯罪嫌疑人的犯罪事实。
   • 即便违法所得已经退还，但如果证据链不足，即无法充分证明犯罪嫌疑人的犯罪行为、犯罪动机、犯罪手段等关键要素，检察院在提起公诉时可能会面临一定的困难。然而，这并不意味着检察院绝对不能提起公诉，因为证据的充分性是一个相对的概念，且检察院在审查案件时可能会进一步补充证据或要求公安机关补充侦查。

2. 证据链不足的可能后果：

   • 如果证据链确实不足，检察院在提起公诉后，法院在审理过程中可能会因为证据不足而判决犯罪嫌疑人无罪或罪轻。这是因为法院在审理案件时，必须依据证据来认定事实，证据不足则无法形成有罪判决。
   • 另外，如果检察院在提起公诉前意识到证据链不足，可能会选择不起诉或退回公安机关补充侦查。这是检察院在审查起诉阶段的一种常见做法，旨在确保公诉的准确性和有效性。

3. 已退违法所得的影响：

   • 已退违法所得是犯罪嫌疑人的一种悔罪表现，它可以在一定程度上减轻其刑事责任。然而，这并不意味着只要退还了违法所得，就可以免除刑事责任。因为刑事责任的承担是基于犯罪行为的严重性、社会危害性以及犯罪嫌疑人的主观恶性等多个因素的综合考量。
   • 已退违法所得可以在量刑时作为从轻或减轻处罚的情节予以考虑，但它并不能替代证据的充分性要求。即，即便违法所得已经退还，如果证据不足，仍然可能无法构成有罪判决。

特殊场景：

• 在某些特殊情况下，如犯罪嫌疑人主动投案自首、认罪认罚并积极退赃退赔等，检察院可能会基于宽严相济的刑事政策，在证据相对不足的情况下仍然提起公诉，但会在量刑时予以从宽处理。然而，这种情况并不常见，且需要严格符合相关法律规定和刑事政策的要求。

行动建议：

• 如果您或您身边的人面临类似情况，建议尽快咨询专业律师，以便更准确地了解案件的法律性质和可能走向。律师可以根据具体案情，为您提供专业的法律意见和辩护策略。
• 同时，积极配合公安机关和检察院的调查工作，如实陈述事实、提供证据，以便更好地维护自己的合法权益。