案件因证据不足不起诉且已退赃的，通常意味着案件在刑事程序上已终结，但需根据具体情况处理后续事宜，包括退赃的法律后果、是否可能被重新起诉、民事赔偿或行政处罚等问题。以下从不同角度展开分析：

1. 刑事程序终结的法律后果

• 不起诉的效力：根据《刑事诉讼法》第177条，检察院作出不起诉决定后，案件在刑事程序上即告终结，犯罪嫌疑人不再被追究刑事责任。若已退赃，这一行为通常会被视为“认罪认罚”或“悔罪表现”，可能成为检察院作出酌定不起诉（相对不起诉）的依据之一。
• 退赃的性质：退赃是犯罪嫌疑人主动返还违法所得的行为，法律上视为“减轻危害后果”的表现。若退赃发生在侦查阶段或审查起诉阶段，可能促使检察院作出不起诉决定；若在审判阶段退赃，则可能作为量刑情节从轻处罚。

2. 是否可能被重新起诉？

• 一般情况：根据《刑事诉讼法》第177条第4款，检察院作出不起诉决定后，若发现新证据或原证据存在重大瑕疵，可撤销原不起诉决定并重新起诉。但实践中，因证据不足不起诉后重新起诉的案例较少，需满足“新证据足以证明犯罪”的严格条件。
• 退赃的影响：退赃本身不会直接导致重新起诉，但若退赃后被发现隐瞒其他违法所得或存在其他犯罪行为，可能引发新的调查。

3. 退赃后的民事或行政问题

• 民事赔偿：若案件涉及被害人，退赃可能部分或全部弥补被害人损失，但若退赃金额不足实际损失，被害人仍可通过民事诉讼要求赔偿。例如，在诈骗案中，退赃可能减少被告人的民事赔偿责任，但被害人仍有权起诉要求差额赔偿。
• 行政处罚：若案件涉及行政违法（如经济犯罪中的行政违规），即使刑事程序终结，行政机关仍可能依据《行政处罚法》对行为人作出罚款、吊销执照等行政处罚。退赃可能作为从轻处罚的情节，但无法完全免除行政责任。

4. 实务建议

• 保留退赃凭证：务必保存退赃的书面记录（如银行转账凭证、收据、公检法出具的扣押/发还清单等），以证明退赃事实，避免后续纠纷。
• 关注案件动态：若检察院作出不起诉决定后，发现新证据或原证据被补强，可能面临重新起诉风险。建议定期与律师沟通，了解案件是否有新进展。
• 处理民事赔偿：若案件有被害人，可主动协商赔偿事宜，争取达成和解并签署《和解协议》，以降低被民事起诉的风险。
• 评估行政风险：若案件涉及行政违法，建议咨询行政法律师，评估是否需要主动配合行政机关调查或申请听证，以争取从轻处罚。

总结：案件因证据不足不起诉且已退赃的，刑事责任通常终结，但需关注退赃凭证的保留、民事赔偿的履行及行政处罚的可能性。若有具体案件细节或后续问题，可直接向我咨询，我将结合案情提供进一步分析。