当遇到犯罪事实不清、证据不足不起诉的情况时，不同主体应依据法律规定，采取恰当措施以维护各自权益，同时尊重法律程序，确保司法公正。 以下是从公安机关、被害人、被不起诉人三个角度的具体分析：

公安机关的处理方式

1. 要求复议：若公安机关认为不起诉决定有误，应在收到决定书后7日内向作出决定的人民检察院提出复议意见。检察院公诉部门将另行指定人员审查，并经检察长或检察委员会决定。若认为公安机关意见正确，将撤销原不起诉决定，补充侦查。
2. 向上一级检察院复核：若复议意见不被接受，公安机关可向上一级检察院提请复核。上一级检察院应在15日内作出决定，并制作复核决定书。复核结果可能撤销或变更下级检察院的不起诉决定。

被害人的处理方式

1. 向上一级检察院申诉：被害人对不起诉决定不服，可在收到决定书后7日内向上一级检察院申诉，请求提起公诉。上一级检察院将在3个月内（复杂案件最长6个月）作出复查决定。
2. 向法院起诉：被害人也可选择不经申诉，直接向法院起诉。法院受理案件后，检察院需移送相关案件材料，即“公诉转自诉”制度，为被害人提供救济途径。例如，在一起故意伤害案件中，如果检察院认为证据不足不起诉，但被害人坚信自己受到了伤害，且掌握了相关证据，那么被害人可以直接向法院提起自诉。

被不起诉人的处理方式

1. 了解不起诉决定书：被不起诉人应详细阅读不起诉决定书，明确不起诉的理由和依据，以便后续采取针对性措施。
2. 补充证据或申诉：若被不起诉人认为有新线索或证据能证明案件事实，可积极收集并提交给检察院或相关机关。同时，若对不起诉决定不服，可在收到决定书后7日内向人民检察院申诉，检察院将进行复查并通知结果。例如，如果被不起诉人认为自己被错误地卷入了一起盗窃案件，且掌握了能够证明自己不在场的证据，那么可以向检察院提交这些证据，并申请复查。

通用建议

1. 寻求专业法律帮助：无论何种身份，面对复杂的法律问题，均可向我咨询，我会提供法律咨询和帮助，制定合适的应对策略。
2. 尊重法律程序：在处理案件时，应遵守法律法规，不得采取违法手段或行为，保持理性和客观的态度，积极配合司法机关的工作。

法律依据：

• 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条：人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
• 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条：犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

综上所述，对于事实不清、证据不足不起诉的案件，各主体应依据法律规定，采取恰当措施维护自身权益，同时尊重法律程序，共同促进司法公正。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。