结论前置：富士康员工旷工三天自动离职后，其工资扣除情况并非固定，而是需根据公司规章制度、劳动合同的具体内容以及相关法律法规进行综合判断。一般而言，用人单位有权扣除因旷工造成的经济损失，但扣除金额需符合法律规定，不得无故克扣员工应得工资。
法律依据与实践分析
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确指出，工资应按月支付给劳动者，不得克扣或无故拖欠。
- 《工资支付暂行规定》第九条也规定，劳动合同解除或终止时，用人单位应一次付清劳动者工资。
- 同时，《工资支付暂行规定》第十六条允许用人单位因劳动者原因造成的经济损失进行赔偿，但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且不得低于当地月最低工资标准。
公司规章制度与劳动合同：
- 富士康作为用人单位，其内部规章制度若明确规定旷工三天自动离职的工资处理办法，且该规定不违反法律法规，则可能按此执行。
- 劳动合同中的相关约定也至关重要。若合同中有关于工资支付的特定条款，如旷工不影响已工作部分的工资，则应依约履行。
实际工资扣除情况：
- 在实际操作中，富士康等用人单位通常会根据员工的实际出勤天数和旷工情况来结算工资。即员工旷工前的正常工作天数应获得相应工资，而旷工期间则可能不支付工资或按公司规定进行扣除。
- 对于旷工造成的经济损失，公司有权在合理范围内要求员工赔偿，但扣除金额需符合法律规定，并确保员工的基本工资权益不受侵害。
综合建议
- 了解公司规定：建议员工首先咨询公司的人事部门，了解公司的具体政策和操作流程，以便明确自己的工资权益。
- 保留证据：在处理工资问题时，员工应保留好工作记录、工资条等相关证据，以便在需要时提供有力的支持。
- 法律咨询：如有必要，员工可以寻求专业律师的帮助，以更准确地了解自己的权益和义务，并获取针对性的法律建议。
综上所述，富士康员工旷工三天自动离职后的工资扣除情况需根据公司规定、劳动合同及法律规定来综合确定。在实际操作中，应确保员工的基本工资权益得到保障，同时允许公司在合理范围内对旷工行为进行必要的处理。如有任何疑问或争议，建议及时咨询公司人事部门或寻求专业律师的帮助。