立案庭以实体认定代替形式审查不立案，这种做法是违法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、立案庭的职责与审查标准

立案庭作为法院的窗口部门，其主要职责是接收并审查当事人提交的起诉材料，决定是否立案。在审查过程中，立案庭应当遵循形式审查的原则，即主要审查起诉材料是否齐全、是否符合法定形式要求，以及是否属于法院的管辖范围等。形式审查并不涉及对案件实体内容的深入审查，如案件的事实是否清楚、证据是否充分等。

二、以实体认定代替形式审查的违法性

1. 违反法定程序：立案庭以实体认定代替形式审查，实际上是在立案阶段就进行了实体审理，这违反了法定的诉讼程序。根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规的规定，立案阶段应当仅进行形式审查，实体审理应当在立案后由审判庭进行。

2. 侵犯当事人诉讼权利：立案庭以实体认定代替形式审查，可能导致当事人的起诉被不当驳回，从而侵犯了当事人的诉讼权利。当事人有权在符合法定条件的情况下向法院提起诉讼，法院应当依法受理并保障当事人的诉讼权利。

3. 影响司法公正与效率：立案庭以实体认定代替形式审查，还可能影响司法的公正与效率。一方面，立案庭可能因对案件实体内容的不当判断而错误地决定不立案，导致当事人无法获得公正的司法救济；另一方面，立案庭在立案阶段就进行实体审理，会延长案件的审理周期，降低司法效率。

三、应对措施与建议

1. 当事人角度：如果当事人认为立案庭以实体认定代替形式审查而不立案的做法违法，可以向上一级法院申诉或申请复议。同时，当事人也可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及如何维护自己的合法权益。

2. 法院角度：法院应当加强对立案庭的监督和管理，确保立案庭严格按照法定程序进行审查。对于立案庭的不当行为，法院应当及时纠正并追究相关人员的责任。同时，法院还可以加强培训和教育，提高立案庭工作人员的业务水平和法律素养。

3. 法律完善角度：为了进一步规范立案庭的审查行为，可以考虑完善相关法律法规和司法解释，明确立案庭的审查标准和程序。例如，可以规定立案庭在审查起诉材料时应当遵循的形式审查原则，以及对于不符合形式审查要求的起诉材料应当如何处理等。

总结来说，立案庭以实体认定代替形式审查不立案的做法是违法的，它违反了法定程序、侵犯了当事人的诉讼权利，并可能影响司法的公正与效率。如果你遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。