在合同纠纷中，民事诉讼合同约定甲方所在地法院管辖，在大多数情况下，可以理解为等于甲方住所地法院管辖，但需注意具体语境和法律规定的细节。以下是对此问题的详细分析：

1. “甲方所在地”与“甲方住所地”的通常理解：

   • 在日常语境和法律实践中，“甲方所在地”往往被理解为甲方的住所地，即甲方的注册地或主要办事机构所在地。对于自然人而言，则通常指其户籍所在地或经常居住地。
   • 当合同中约定由“甲方所在地”法院管辖时，这种约定通常旨在明确纠纷发生时的诉讼管辖法院，以避免争议。

2. 法律规定的支持：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，这包括被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等。在此框架下，“甲方所在地”作为与争议有实际联系的地点，是可以被双方约定为管辖法院的。
   • 同时，该条款也明确了这种约定不得违反级别管辖和专属管辖的规定。因此，在约定“甲方所在地”法院管辖时，需确保该约定不违反这些限制。

3. 注意事项与特殊情况：

   • 明确“甲方所在地”的具体含义：在签订合同时，双方应清晰界定“甲方所在地”的具体含义和范围，以避免后续争议。例如，对于法人或其他组织，应明确是注册地还是主要办事机构所在地。
   • 书面形式要求：管辖协议必须采用书面形式，包括合同中的条款或单独的管辖协议等。口头约定不具有法律效力。
   • 专属管辖的例外：如果合同纠纷涉及专属管辖的范围（如不动产纠纷、港口作业纠纷等），则必须按照专属管辖的规定确定诉讼地，即使当事人有约定也不能违反。

4. 实际应用中的处理：

   • 若合同双方发生纠纷，并约定了由“甲方所在地”法院管辖，则可按照该约定向甲方所在地人民法院提起诉讼。
   • 在实际操作中，如果当事人已分别向所在地人民法院提起诉讼，应根据最高人民法院的司法解释处理，即由先立案的人民法院管辖；若立案时间难以分清先后，则由两地人民法院协商解决；协商解决不了的，由它们的共同上级人民法院指定管辖。

总结与建议： 在合同中明确约定由“甲方所在地”法院管辖时，应确保该约定符合《民事诉讼法》及相关司法解释的规定。双方在签订合同时应充分理解并同意该管辖约定，以确保其在争议解决时的有效性和可执行性。如果对此有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。