合同纠纷的管辖法院并非固定为甲方公司所在地或乙方公司所在地，而是需根据合同约定、法律规定及案件特性来综合判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定优先原则

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
   • 实际应用：若合同中明确约定了管辖法院，且该约定合法有效（不违反级别管辖和专属管辖），则应按照合同约定确定管辖法院。这意味着，如果甲乙双方在合同中约定“如发生纠纷，由甲方所在地人民法院管辖”，那么就应当遵循该约定，在甲方所在地提起诉讼。

2. 无约定或约定不明确的情况

   • 一般原则：在没有合同约定或约定不明确的情况下，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
     • 被告住所地：通常指被告的户籍所在地或经常居住地。如果被告是公司或其他组织，则为其主要办事机构所在地。
     • 合同履行地：指合同约定的履行义务的地点。如果合同没有明确约定履行地，则需要根据实际情况确定。例如，对于买卖合同，如果争议标的为给付货币，则接收货币一方所在地为合同履行地；如果交付不动产，则不动产所在地为合同履行地。
   • 特殊情况：对于某些特定类型的合同，如网络买卖合同、保险合同等，法律可能有特别规定来确定合同履行地和管辖法院。例如，网络买卖合同中，通过信息网络交付标的的，以买受人住所地为合同履行地；保险合同中，因财产保险合同纠纷提起的诉讼，如果保险标的物是运输工具或者运输中的货物，可以由运输工具登记注册地、运输目的地、保险事故发生地人民法院管辖。

3. 专属管辖的情况

   • 特定类型案件：如因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。这意味着，无论合同中有无约定，都应优先适用专属管辖的规定。

4. 实际操作中的建议

   • 审查合同：在发生合同纠纷时，首先应审查合同中是否有关于管辖法院的约定。
   • 确定被告住所地和合同履行地：如果合同中没有约定或约定不明确，则需要确定被告住所地和合同履行地，以便选择正确的管辖法院。
   • 考虑案件特性：对于某些特定类型的合同或案件，如涉及不动产、知识产权等，应特别注意专属管辖的规定。

举例说明：

• 假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中约定“如发生纠纷，由乙方所在地人民法院管辖”。那么，在发生纠纷时，就应当遵循该约定，在乙方所在地提起诉讼。
• 如果合同中没有约定管辖法院，且争议标的为给付货币，接收货币一方（甲方）所在地为合同履行地，那么甲方可以选择在其所在地人民法院提起诉讼。

综上所述，合同纠纷的管辖法院确定是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑合同约定、法律规定以及案件的具体情况。如果你面临合同纠纷，并需要确定管辖法院或采取其他法律行动，请随时向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。