结论：本村地下水抽水站不抽本村的农业公司用水，是否违法需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
抽水站的所有权与经营权
- 若抽水站属于村集体所有，且其设立初衷或合同约定中明确规定了抽水站需为本村农业公司提供用水服务，那么抽水站不履行该义务可能构成违约或违反村集体规定。在此情况下，农业公司有权要求抽水站履行其义务，或通过法律途径维护自身权益。
- 若抽水站的所有权或经营权已通过合法方式转让给第三方（如个人或企业），且转让协议中未明确规定需为本村农业公司提供用水服务，那么抽水站不抽本村农业公司用水可能不构成违法。此时，农业公司需与抽水站的所有者或经营者协商解决用水问题。
用水合同的签订与履行
- 若本村农业公司与抽水站之间签订了用水合同，且合同中明确规定了抽水站需向农业公司提供一定量的用水，那么抽水站不履行合同义务可能构成违约。农业公司有权依据合同条款要求抽水站承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、继续履行合同等。
- 若双方未签订用水合同，或合同中未明确规定抽水站需向农业公司提供用水，那么抽水站不抽本村农业公司用水可能不构成违约。此时，农业公司需通过其他途径解决用水问题，如与抽水站协商、寻找其他水源等。
水资源管理与利用的法律法规
- 根据《中华人民共和国水法》等相关法律法规，水资源属于国家所有，任何单位和个人不得擅自占用、破坏或污染水资源。然而，这些法律法规主要关注的是水资源的保护和管理，而非直接规定抽水站是否需向特定用户提供用水。
- 若抽水站在抽水过程中存在违法行为（如超量抽水、污染水源等），则可能受到相关法律法规的制裁。但这与抽水站是否抽本村农业公司用水无直接关联。
村集体内部的自治规定
- 村集体内部可能存在一些自治规定或习惯做法，这些规定或做法可能涉及抽水站的使用和管理。若这些规定或做法明确规定了抽水站需为本村农业公司提供用水服务，且该规定或做法不违反法律法规的强制性规定，那么抽水站不履行该义务可能构成违反村集体内部规定。
建议：
- 若本村农业公司认为抽水站不抽其用水构成违法或违约，建议首先与抽水站的所有者或经营者进行协商，寻求解决方案。
- 若协商无果，农业公司可咨询专业律师，了解自身权益及可能的法律途径，如提起民事诉讼或申请仲裁等。
- 同时，农业公司也可考虑与其他水源供应商建立合作关系，以确保农业生产的正常进行。
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