农村建一层厕所签订的承包合同，在符合法定条件时有效，具体效力认定需分情况讨论：

1. 合同主体适格时有效
   若发包方为农村集体经济组织或村民委员会（具备民事主体资格），承包方为具备相应建筑施工资质的企业或个体工匠（根据《建筑法》第26条，个人承包需取得乡村建设工匠资质），且双方意思表示真实，合同内容不违反法律强制性规定（如未占用基本农田、符合村庄规划），则合同自成立时生效。需注意：根据《民法典》第490条，农村自建低层住宅（二层及以下）的施工合同，可不强制要求承包方具备建筑施工企业资质，但需符合地方性法规对乡村建设工匠的管理要求。

2. 合同主体不适格时效力瑕疵
   若承包方为无资质的个人或单位，合同可能因违反《建筑法》第26条”禁止无资质承揽工程”的强制性规定而被认定无效。但需区分情形：

• 若厕所属于农民自建低层住宅的附属设施，且承包方为乡村建设工匠，部分地区（如《浙江省农村住房建设管理办法》）允许其承揽施工，合同仍有效；
  
• 若厕所建设涉及公共设施或超出低层住宅范畴（如独立公共厕所），则必须由具备资质的主体施工，否则合同无效。

1. 合同内容违法时无效
   若合同约定违反《土地管理法》（如非法占用耕地）、《环境保护法》（如未配套建设污水处理设施）或《城乡规划法》（如未取得乡村建设规划许可证），则相关条款无效，但不影响其他合法条款的效力（根据《民法典》第156条）。

实务建议：

• 签订前核查承包方资质证书及乡村建设工匠培训证明；
  
• 确认建设用地符合村庄规划（可要求发包方提供《乡村建设规划许可证》）；
  
• 明确约定质量标准、验收程序及违约责任（如厕所防水、排污等关键指标）；
  
• 避免以”包工包料”形式模糊责任边界，建议分项列明材料品牌、规格及施工工艺。
  

如需进一步分析具体合同条款或地方性规定，可直接向我提供合同文本及建设地点信息。