当拖欠农民工工资达到三个月以上时，根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，以下是具体的处理方式和赔偿规定：

一、基本处理原则

1. 足额支付工资：用人单位必须按照劳动合同的约定和国家规定，及时足额地向农民工支付劳动报酬。一旦发现拖欠，应立即补足所欠工资。

2. 加付赔偿金：在特定情况下，如用人单位逾期不支付工资，除了补足工资外，还需按应付金额的一定比例向农民工加付赔偿金。

二、具体赔偿标准与措施

1. 加付50%至100%的赔偿金：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，若用人单位未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付农民工劳动报酬，且经劳动行政部门责令限期支付后逾期不支付的，劳动行政部门将责令用人单位按应付金额的50%以上100%以下的标准向农民工加付赔偿金。
   • 举例来说，如果农民工被拖欠的工资总额为1万元，那么用人单位可能需要额外支付5000元至1万元的赔偿金。

2. 刑事责任追究：

   • 对于有能力支付而不支付农民工报酬，数额较大，且经政府有关部门责令支付仍不支付的行为，可能构成拒不支付劳动报酬罪。
   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十六条之一，犯此罪的，将处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；若造成严重后果，将处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
   • 如果是单位犯罪，将对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法追究刑事责任。

3. 其他法律救济途径：

   • 农民工还可以选择通过劳动仲裁或诉讼的方式来维护自己的合法权益。
   • 在申请仲裁或提起诉讼前，建议农民工收集并保留好相关证据，如劳动合同、考勤记录、工资条等，以便更好地证明自己的权益受到侵害。

三、实际操作建议

1. 与用人单位协商：在发现工资被拖欠后，农民工首先可以尝试与用人单位进行协商，了解拖欠的具体原因，并寻求双方都能接受的解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，农民工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查，并督促用人单位尽快支付工资。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果未能满足农民工的诉求，他们可以进一步申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，拖欠农民工工资三个月以上是严重的违法行为，不仅需要补足工资，还可能面临加付赔偿金、刑事责任追究等法律后果。因此，建议用人单位严格遵守相关法律法规，及时足额支付农民工工资，以维护劳动关系的和谐稳定。