结论：在合同约定承包人到期申请返还质保金，但承包人未申请的情况下，诉讼时效是否起算不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 诉讼时效起算的一般原则

根据《民法典》第一百八十八条，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在建设工程合同中，若合同明确约定了质保金的返还期限（如工程竣工验收合格后一定期限），且承包人未在该期限内申请返还，此时可视为承包人“应当知道”其权利可能受到损害（如发包人可能拒绝返还），诉讼时效可能自此起算。但需注意，若合同未明确约定申请返还的具体方式或程序，或存在其他合理障碍导致承包人无法及时申请，则诉讼时效的起算可能推迟。

2. 最高院案例的参考

虽然无法直接引用具体案例（因案例库庞大且需具体检索），但根据最高院类似判例的裁判逻辑，若合同明确约定了质保金返还的条件和期限，且承包人未在期限内主张权利，法院可能认定诉讼时效从期限届满之日起算。例如，若合同约定“工程竣工验收合格后2年内，承包人可申请返还质保金”，而承包人未在2年内申请，则诉讼时效可能从第2年届满之日起算。但若合同约定“承包人需提交特定材料后发包人返还”，而发包人未提供材料或存在其他过错，则诉讼时效可能因权利行使障碍而推迟。

3. 特殊情况下的诉讼时效中断或中止

若承包人在质保金返还期限届满后，仍通过书面催告、协商等方式主张权利，或发包人明确表示拒绝返还，则可能构成诉讼时效中断（重新起算）或中止（暂停计算）。例如，承包人在期限届满后1年内向发包人发送律师函催告返还，诉讼时效可能自催告之日起重新计算3年。

4. 实务建议

• 合同审查：签订合同时，明确约定质保金返还的条件、期限及申请程序，避免模糊表述。
• 证据保留：若承包人未及时申请返还，应保留书面催告、协商记录等证据，以证明权利行使的连续性。
• 时效管理：若发包人拒绝返还，承包人应在诉讼时效期间内（一般为3年）提起诉讼或仲裁，避免丧失胜诉权。

总结：诉讼时效是否起算需结合合同约定、权利行使障碍及最高院类似判例综合判断。若您涉及具体案件，建议提供合同条款及事实细节，以便进一步分析。有问题可直接向我咨询，我将结合您的具体情况提供专业建议。