针对您提出的“国企员工婚外情公司该如何处理”这一问题，这确实是一个涉及企业管理制度、员工权益以及法律边界的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、企业管理制度的合法性基础
首先，我们需要明确的是，企业有权制定内部规章制度来规范员工行为，但这些制度必须建立在合法、合规的基础之上。对于婚外情这类涉及员工私人生活的问题，企业在制定相关规章制度时需要特别谨慎，确保不侵犯员工的婚恋自由权，这是法律赋予公民的基本权利。
二、婚外情与“不正当男女关系”的司法认定
在司法实践中，“婚外情”通常被视为“不正当男女关系”的一种表现形式。然而，企业要依据规章制度对涉及婚外情的员工进行处理，必须满足两个核心条件：
制度本身的合法性：规章制度必须经过民主程序制定，并向员工公示，确保员工知晓并认可。同时，制度内容不能违反法律的强制性规定和公序良俗原则。
充分证据的支持：企业需要承担沉重的举证责任，证明员工确实存在不正当男女关系，并且该关系对公司利益（如工作秩序、声誉）造成了实质性的负面影响。
三、企业处理婚外情的可能路径
依据规章制度处理：如果企业的规章制度中明确规定了禁止不正当男女关系，并且该制度合法有效，那么企业在掌握充分证据的情况下，可以依据制度对员工进行处理，包括解除劳动合同。但需要注意的是，由于证明责任重、难度高，企业在实际操作中需要谨慎行事。
道德劝诫与内部调解：对于涉及婚外情的员工，企业也可以采取更为温和的方式进行处理，如进行道德劝诫、组织内部调解等。这种方式有助于维护员工的尊严和隐私，同时也有助于保持企业的和谐氛围。
法律途径：如果员工的婚外情行为涉嫌违法（如重婚罪等），企业可以向相关法律机构报案，由法律机构依法进行处理。
四、实际案例分析
以您提供的案例为例，某制药公司员工刘某超与同事陈某娟在工作场所发生亲吻等不雅行为，严重违反了公司的规章制度，并对公司正常工作秩序以及员工内部团结等方面造成严重恶劣影响。在这种情况下，公司依据合法有效的规章制度，并经过工会同意后，解除与刘某超的劳动合同是合法的。
五、建议与总结
企业应谨慎制定规章制度：避免简单粗暴地禁止所有办公室恋情或婚外情，而是应着眼于防范利益冲突和维护正常工作秩序与职场道德。
加强员工培训与教育：提高员工对规章制度的认识和理解，引导员工树立正确的价值观和职业道德观。
依法依规处理问题：在处理涉及员工私人生活的问题时，企业应确保自己的行为合法合规，避免侵犯员工的合法权益。
综上所述，国企在处理员工婚外情问题时，应依据合法有效的规章制度，并承担沉重的举证责任。在实际操作中，企业可以采取多种方式进行处理，但必须确保自己的行为合法合规，并尊重员工的尊严和隐私。