结论前置：两辆挂靠同一运输公司的车辆发生交通事故后，保险公司通常会在保险责任范围内进行赔付，但具体赔付情况需根据交强险、商业险的条款以及挂靠公司的管理责任来确定。同时，存在特定情形时，保险公司可能不承担赔偿责任。以下是对此问题的详细分析：
一、交强险赔付情况
交强险是法定强制保险，只要车辆投保了交强险，并在交通事故中导致第三方人身伤亡或财产损失且负有事故责任，交强险承保公司就会在交强险责任限额范围内进行赔付。赔付限额分为有责和无责两种情况，与车辆是否挂靠同一公司无关。具体赔付限额如下：
- 有责情况下：死亡伤残赔偿限额18万、医疗费用赔偿限额1.8万、财产损失赔偿限额2000元。
- 无责情况下：死亡伤残赔偿限额1.8万、医疗费用赔偿限额1800元、财产损失赔偿限额100元。
二、商业险赔付情况
商业险的赔付则取决于保险合同的约定和投保情况。
- 挂靠公司作为被保险人：如果商业险是以挂靠公司名义投保，且事故车辆在保险合同约定的承保范围内，保险公司会按照商业险合同约定进行赔付。
- 实际车主作为被保险人：若实际车主以自己名义投保商业险，事故属于保险责任范围时，保险公司同样会依据保险合同向被保险人（实际车主）承担赔付责任。
三、挂靠公司自身责任
挂靠公司在车辆运营中的管理责任也会影响其是否需要承担赔偿责任。
- 管理过错：如果挂靠公司对车辆运营存在管理上的过错，如未进行必要的安全检查、对驾驶员资质审核把关不严等，导致事故发生，挂靠公司可能要对事故受害人承担相应的赔偿责任。
- 合同约定：挂靠合同中若约定了挂靠公司在某些特定情况下需对事故损失负责，则按照合同约定执行。
四、特殊情况下保险公司的免责
存在以下情形之一时，保险公司不承担赔偿责任：
- 驾驶人未取得驾驶资格或者醉酒的。
- 被保险机动车被盗抢期间肇事的。
- 被保险人故意制造道路交通事故的。
五、具体赔付场景分析
- 双方车辆相互碰撞：两辆挂靠在同一公司的货车发生碰撞，且双方都有责任时，保险会按照责任比例进行赔付。交强险先在限额内赔偿对方损失，超出部分由商业险根据责任划分赔偿。
- 与第三方发生事故：若两辆挂靠货车与第三方车辆或行人发生事故，根据事故责任认定，交强险和商业险会对第三方损失进行赔付。如果两辆车都有责任，保险赔偿按责任比例分担第三方的损失。
六、法律建议
- 及时报案：事故发生后，应立即向保险公司和交警部门报案，以便及时处理事故和理赔。
- 保留证据：收集并保留与事故相关的所有证据，包括现场照片、视频、证人证言等，以便在理赔或诉讼过程中使用。
- 咨询专业律师：在处理事故赔偿过程中，如有任何疑问或需要法律帮助，应及时咨询专业律师，以确保自身权益得到最大保障。
综上所述，两辆挂靠同一运输公司的车辆发生交通事故后的赔付情况需综合考虑交强险、商业险的条款约定以及挂靠公司的管理责任。在具体实践中，应通过法律程序来确定各方的责任范围和赔偿金额。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。