当挂靠公司的车辆发生事故且车主跑了时，赔偿责任主要由挂靠人和被挂靠公司根据具体情况共同承担，同时考虑保险公司的赔付责任。以下是对此问题的详细分析：

一、挂靠人与被挂靠公司的连带责任

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十一条，以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车发生交通事故造成损害，且属于该机动车一方责任的，由挂靠人和被挂靠人承担连带责任。

2. 责任依据：

   • 被挂靠公司通过挂靠行为获取利益，并允许他人使用其经营资质，对挂靠车辆的运营负有管理义务。
   • 挂靠人作为车辆的实际控制和运营者，与事故的发生存在直接关联。
   • 二者行为共同增加了事故发生时受害人求偿的风险，因此需承担连带责任，以保护受害人的合法权益。

3. 实例说明：

   • 假设张司机将货车挂靠在某运输公司名下进行货物运输，途中发生交通事故，造成他人损害。经交警认定，张司机负全责。若张司机逃跑，受害人可以要求运输公司承担赔偿责任，运输公司在承担赔偿责任后，有权向张司机追偿。

二、保险公司的赔偿责任

1. 保险赔付顺序：

   • 如果挂靠车辆投保了交强险和商业三者险，首先由保险公司在交强险责任限额范围内予以赔偿。
   • 不足部分，由承保商业三者险的保险公司根据保险合同予以赔偿。
   • 仍有不足的，再由挂靠人和被挂靠人承担连带责任。

2. 保险责任范围：

   • 保险公司仅在保险责任限额内承担赔偿责任，超出部分需由其他责任人承担。

3. 实例说明：

   • 继续上述实例，若该货车已投保交强险和商业三者险，则赔偿顺序如下：首先由交强险保险公司在责任限额内赔偿受害人损失；超出交强险部分，若在商业三者险赔偿范围内，由商业三者险保险公司赔偿；若还有剩余未赔偿部分，由张司机和运输公司承担连带赔偿责任。

三、特殊情况下的责任分担

1. 挂靠单位未收取费用：

   • 若挂靠单位未收取任何费用，仅基于政府管理要求允许司机挂靠，则挂靠单位可能不承担赔偿责任，由司机或其雇主自行承担。但此情况需结合具体合同内容和事故情况来判断。

2. 存在其他侵权人：

   • 如果事故是由挂靠车辆和其他侵权人的共同侵权行为导致的，所有侵权人应根据各自过错程度承担相应的责任。能够确定责任大小的，各自承担相应的责任；难以确定责任大小的，平均承担赔偿责任。

四、处理流程与建议

1. 事故责任判定：

   • 交警部门会调查事故并出具认定书，明确各方责任。这是后续赔偿处理的基础。

2. 保险理赔：

   • 及时通知保险公司进行理赔，保险公司会根据保险条款进行查勘、定损并赔付。需注意保险欺诈等情形的拒赔风险。

3. 法律诉讼：

   • 若对责任判定或赔偿金额有争议，可通过法律途径解决。挂靠人和被挂靠公司可能需共同面对诉讼。

4. 建议：

   • 遇到此类问题时，建议及时收集相关证据，如事故认定书、保险单、挂靠合同等，以便在后续处理中维护自身权益。
   • 同时，可以寻求专业法律帮助，以确保赔偿方案的合理性和合法性。

综上所述，当挂靠公司的车辆发生事故且车主跑了时，赔偿责任主要由挂靠人和被挂靠公司根据具体情况共同承担，同时考虑保险公司的赔付责任。在处理过程中，应遵循法定程序，确保受害人合法权益得到保障。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。