在单位上班时与人力资源部门签订劳动合同，这一行为本身是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性依据
劳动合同签订主体：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系，并应当订立书面劳动合同。这里的“用人单位”指的是与劳动者建立劳动关系的组织，包括企业、个体经济组织、民办非企业单位等。
- 人力资源部门作为用人单位的一个内部职能部门，通常负责处理与员工相关的人事事务，包括劳动合同的签订、管理等工作。因此，与人力资源部门签订劳动合同，实质上是与用人单位建立劳动关系的一种表现，是合法的。
合同效力：
- 劳动合同的效力并不取决于与哪个具体部门签订，而是取决于合同的内容是否符合法律法规的规定，以及双方是否自愿、平等地签订合同。只要合同内容合法、双方自愿，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该合同就是有效的。
注意事项
确认用人单位主体：
- 在与人力资源部门签订劳动合同时，劳动者应确认该部门是否代表用人单位签订合同。通常，人力资源部门会在合同上加盖用人单位的公章或合同专用章，以证明其代表用人单位签订合同的合法性。
审查合同内容：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同内容，确保合同条款符合法律法规的规定，且没有损害自身权益的条款。如合同期限、工作内容、工作地点、劳动报酬、社会保险等条款都应明确约定。
保留合同副本：
- 签订劳动合同后，劳动者应保留一份合同副本，以便在需要时作为证据使用。同时，也可以要求用人单位提供一份合同副本，以备不时之需。
特殊情况
- 如果人力资源部门在签订劳动合同时存在欺诈、胁迫等行为，或者合同内容违反法律法规的强制性规定，那么该合同可能是无效的。在这种情况下，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会或人民法院申请确认合同无效，并维护自己的合法权益。
总结来说，与单位的人力资源部门签订劳动合同是合法的，但劳动者在签订合同时应确认用人单位主体、审查合同内容，并保留合同副本。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。