核心结论：当申请工伤时所有文件中的公司名称与变更后不一致导致信息不符，可通过收集公司名称变更证据、向相关部门说明情况并申请更正、必要时通过法律途径解决等方式来处理。以下是详细说明：

1. 收集公司名称变更的证据
   • 首先，要尽可能收集能证明公司名称变更的各类文件。比如工商行政管理部门出具的公司名称变更登记通知书，这是最直接、最权威的证据，能清晰显示公司原来的名称以及变更后的新名称，还有变更的具体时间等信息。
   • 另外，公司的营业执照副本也是重要证据，新的营业执照上会体现变更后的公司名称，同时部分地区在营业执照上可能还会备注之前的名称或者有相关的变更记录。
   • 如果有公司发布的关于名称变更的公告、通知等文件，也可以一并收集起来，这些文件能从公司自身行为的角度证明名称变更的事实。
2. 向相关部门说明情况并申请更正
   • 向社保部门说明：工伤申请主要涉及社保部门，在发现文件中的公司名称与变更后不一致时，要及时主动与负责工伤认定的社保机构取得联系。可以亲自前往社保部门的办事窗口，向工作人员详细说明公司名称变更的情况，并提交之前收集到的相关证据。社保部门会根据你提供的材料进行审核，如果情况属实，会对工伤申请文件中的公司名称进行更正，以确保工伤认定流程能够顺利进行。
   • 向其他涉及部门说明（如有需要）：除了社保部门，如果在工伤申请过程中还涉及其他部门，比如劳动能力鉴定委员会等，也需要向这些部门说明公司名称变更的情况，并提供相应证据，避免因信息不一致影响后续的劳动能力鉴定等环节。
3. 必要时通过法律途径解决
   • 如果在与相关部门沟通协调过程中遇到困难，比如社保部门等不认可你提供的证据或者拒绝更正信息，导致工伤申请无法正常推进，那么可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
   • 可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，在仲裁申请中详细阐述公司名称变更的事实以及因信息不符给工伤申请带来的阻碍，要求仲裁机构裁决相关部门更正信息并继续推进工伤认定流程。
   • 如果对仲裁结果不满意，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法程序来解决争议。在诉讼过程中，要充分准备好相关证据，以证明自己的主张的合理性和合法性。