农民工加班挣得的五千元收入，如果达到纳税标准，是需要缴纳税款的。下面我为您详细解释：

1. 纳税义务：根据我国税法规定，无论是城镇职工还是农民工，只要其收入达到纳税标准，都有依法纳税的义务。加班收入作为个人劳动所得的一部分，同样需要纳入税收计算范围。

2. 纳税标准：个人所得税的纳税标准是根据个人收入情况而定的。目前，我国实行的是累进税率制度，即收入越高，税率也相应提高。因此，农民工加班挣得的五千元是否需要缴税，要看这五千元加上其他收入后，是否超过了个人所得税的起征点，并且根据具体的税率来计算应缴纳的税款。

3. 缴税流程：如果农民工的加班收入确实需要缴税，那么通常是由雇主在发放工资时代扣代缴，或者农民工自行到税务机关申报缴纳。具体的缴税流程可能因地区和政策的不同而有所差异。

综上所述，农民工加班挣得的五千元收入，如果达到纳税标准，是需要缴纳税款的。如果您对具体的纳税标准、税率或缴税流程有疑问，可以进一步向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供更详细的解答。