工程竣工验收合格并不当然导致无法扣款，具体是否能够扣款需结合合同约定、实际履行情况及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定角度
合同中有明确扣款条款：
- 若建设工程合同中明确约定了竣工验收合格后，因特定原因（如工程质量瑕疵、工期延误等）仍可进行扣款，且这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么发包方在验收合格后仍有权依据合同约定进行扣款。
- 例子：合同中约定“若工程存在非结构性质量问题，虽不影响整体使用，但发包方有权在验收合格后扣除一定比例的工程款作为修复费用”。在此情况下，即使工程验收合格，发包方也有权依据合同约定扣款。
合同中无明确扣款条款或条款模糊：
- 若合同中未明确约定竣工验收合格后的扣款事项，或条款表述模糊、存在歧义，则发包方主张扣款可能面临法律障碍。此时，需依据《民法典》等相关法律规定，结合合同目的、交易习惯及诚实信用原则进行解释和判断。
- 建议：在签订合同时，双方应尽可能明确约定竣工验收合格后的权利义务关系，包括扣款条件、方式、比例等，以避免后续争议。
二、实际履行情况角度
工程存在质量问题：
- 即使工程竣工验收合格，若后续发现存在质量问题（如隐蔽工程缺陷、材料不合格等），且这些问题影响工程的安全、使用功能或耐久性，发包方有权要求承包方进行修复或赔偿损失。在修复或赔偿过程中，可能涉及工程款的扣减。
- 法律依据：根据《民法典》第七百九十九条：“建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。”同时，若因承包方原因导致工程质量不符合约定，发包方有权要求承包方承担修理、返工、改建等违约责任，并有权要求赔偿损失。
工期延误或其他违约行为：
- 若承包方存在工期延误、未按照合同约定提供施工资料等违约行为，且这些行为给发包方造成了损失，发包方有权在工程款中扣除相应损失。
- 例子：合同约定工期为100天，实际工期为120天，且因工期延误导致发包方额外支付了租赁设备费用、人员工资等。在此情况下，发包方有权在工程款中扣除这些额外费用。
三、法律规定角度
法定扣款情形：
- 法律、行政法规可能规定某些特定情形下，发包方有权在工程款中扣除一定费用。例如，若承包方未依法缴纳税款、社会保险费等，发包方在支付工程款时可能需代扣代缴。
- 注意：此类扣款需严格依据法律规定进行，且不得损害承包方的合法权益。
禁止非法扣款：
- 无论何种情况下，发包方均不得非法扣款或恶意拖欠工程款。若发包方无正当理由拒绝支付工程款或恶意扣款，承包方有权依法维护自身权益，包括向法院提起诉讼或申请仲裁。
总结与建议：工程竣工验收合格并不意味着发包方无法扣款。是否能够扣款需结合合同约定、实际履行情况及法律规定综合判断。为避免后续争议，建议双方在签订合同时明确约定竣工验收合格后的权利义务关系，并在履行过程中严格遵守合同约定和法律规定。若您在建设工程领域遇到法律问题，欢迎直接向我咨询。