工程竣工验收不合格时，垫资款的收回需依据具体情况，包括工程是否可修复、合同中的特别约定以及双方的过错责任等因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合同约定优先
如果施工合同中明确规定了垫资的结算方式、返还条件及相关条款，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照合同约定进行处理。例如，合同中可能约定了验收不合格时垫资款的处理方式，如扣除一定比例作为违约金或要求承包人承担修复费用等。
二、法律法规遵循
在合同没有明确规定或约定不明确的情况下，应参照《中华人民共和国民法典》等相关法律法规进行处理。具体来说：
经修复后合格的情况
- 如果建设工程经验收不合格但可以修复，承包人应负责修复工作，并确保修复后的工程符合相关质量标准和规范。
- 修复后，若建设工程经验收合格，承包人可以请求发包人支付垫资款及相应利息，但修复费用通常由承包人自行承担。
不可修复的情况
- 若建设工程经修复后仍验收不合格，或者根本无法修复，承包人通常无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿，即垫资款可能无法全额收回。
- 在此情况下，如果发包人对工程不合格存在过错（如提供的设计图纸有误、未按时提供施工条件等），发包人应承担相应的责任，包括赔偿承包人因此遭受的损失。
三、过错责任的影响
承包人过错
- 若工程不合格是由于承包人的过错造成的（如施工工艺不符合标准、使用不合格材料等），承包人不仅可能面临垫资款无法收回的风险，还可能需要承担修复费用、赔偿发包人因工程不合格遭受的损失。
发包人过错
- 如果工程不合格是发包人原因导致的（如提供的设计图纸错误、指定使用不合格材料等），承包人有权要求发包人返还垫资款，并可能主张发包人赔偿损失。
双方都有过错
- 如果双方对工程不合格都有过错，那么应根据双方过错的大小来分担垫资款的损失以及相关责任。法院会综合案件具体情况，按照过错比例判定双方承担的责任范围，进而确定垫资款的返还数额。
四、具体操作建议
协商解决
- 面对垫资施工验收不合格的情况，承包人应首先与发包人进行友好协商，明确责任归属，并尝试通过修复工程以达到验收标准。
- 若无法修复或发包人拒绝承担相应责任，承包人可以依法向法院提起诉讼以维护自身权益。
保留证据
- 在处理此类纠纷时，承包人应妥善保留好相关证据和资料，如施工合同、垫资协议、验收报告、沟通记录等。
- 这些证据对于后续审计、查证或法律纠纷的处理至关重要。
总结与建议：工程竣工验收不合格时，垫资款的收回问题复杂且多变。承包人在处理此类问题时，应首先依据合同约定和法律法规进行初步判断，并积极与发包人进行沟通和协商。若无法达成一致意见，建议及时咨询专业律师（即我本人，舒圣祥律师，专注于税务纠纷、合同纠纷、刑事辩护领域），以便更好地维护自身权益。同时，承包人在施工过程中应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保工程质量符合标准，以减少此类纠纷的发生。