在工程进度款验收不合格的情况下，处理方式需结合合同约定、法律规定及实际工程情况综合判断，以下是具体处理思路：

1. 核查合同条款
   首先需审查施工合同中关于“进度款支付条件”“验收标准”“不合格处理程序”的约定。例如：

   • 若合同明确约定“验收不合格时发包方有权拒付进度款”，则发包方可依据合同暂停支付；
     
   • 若合同未约定或约定模糊，则需结合《民法典》中关于“合同履行瑕疵”的规定处理，即承包方需承担修复责任，修复合格后发包方应支付款项。

2. 区分“质量不合格”与“资料不全”

   • 质量不合格：若验收不合格是因工程质量问题（如材料不达标、施工工艺缺陷），发包方有权要求承包方限期整改，整改期间可暂停支付进度款；若承包方拒不整改或整改后仍不合格，发包方可依据合同解除合同并索赔。
     
   • 资料不全：若验收不合格是因承包方未提交完整验收资料（如检测报告、隐蔽工程记录），发包方应书面通知补交资料，补交后重新验收，而非直接拒付进度款。

3. 发包方的通知义务
   根据《民法典》第577条，发包方发现验收不合格时，需及时以书面形式通知承包方，明确不合格事项、整改要求及期限。若未履行通知义务，可能被认定为“擅自拒付进度款”，需承担违约责任。

4. 承包方的修复与索赔权

   • 承包方应在收到通知后按要求整改，修复费用一般由承包方承担（除非质量问题由发包方原因导致，如设计变更、指令错误）。
     
   • 若因发包方原因导致验收不合格（如未提供施工条件、拖延验收），承包方可主张顺延工期，并要求发包方赔偿停工损失。

5. 进度款与结算款的区分
   需注意：进度款是“过程性支付”，结算款是“最终支付”。即使进度款验收不合格，若工程最终通过竣工验收，承包方仍有权要求支付结算款，但发包方可从结算款中扣除修复费用或违约金。

建议行动步骤：

1. 立即核对合同条款，明确双方权利义务；
   
2. 书面固定验收不合格的事实（如照片、检测报告）；
   
3. 根据不合格原因，选择整改、协商或法律途径解决；
   
4. 避免单方面停工或拒付，防止扩大损失。
   

若涉及复杂争议（如质量争议、损失计算），可进一步提供合同文本及验收资料，我将结合具体条款分析风险点及应对策略。