若单位代理出口报关员因工厂骗税被拘留或判刑，关于罚款的缴纳问题，需分情况讨论：

1. 若报关员被认定为骗税共犯：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百零四条，以假报出口或者其他欺骗手段，骗取国家出口退税款，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处骗取税款一倍以上五倍以下罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处骗取税款一倍以上五倍以下罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处骗取税款一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
   • 在此情况下，报关员需承担刑事责任，并需缴纳罚金，罚金数额根据骗取税款的数额及情节严重程度确定。罚金应在判决指定的期限内一次性或分期缴纳，期满不缴纳的，法院会强制缴纳。若因不可抗力等困难确实无法缴纳，可申请延期、减免，但需法院审查裁定。

2. 若报关员不知情且未参与骗税行为，但因职务便利被牵连：

   • 若报关员能证明对工厂骗税行为不知情且未参与，根据“罪刑法定”及“主客观相一致”原则，不应承担刑事责任。
   • 但若因职务便利被认定为存在过失，如未严格审核出口货物真实性等，可能面临行政处罚，如罚款、吊销报关员证等。行政处罚罚款需在规定期限内缴纳，逾期将面临滞纳金或强制执行。

3. 关于罚款缴纳的具体操作：

   • 刑事罚金：由法院在判决中明确罚金数额及缴纳方式，报关员或其家属需按判决要求缴纳至法院指定账户。
   • 行政处罚罚款：由海关或税务机关出具处罚决定书，明确罚款数额及缴纳期限，报关员需按决定书要求缴纳至指定账户。

建议：

• 若报关员被拘留或判刑，应尽快委托专业律师介入，了解案件详情，评估法律责任，制定辩护策略。
• 若对罚款有异议，可在规定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，维护合法权益。

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