核心结论：若报关员在代理出口工厂骗税案件中确实不知情却被拘留判刑，可通过收集证据证明自身不知情、委托律师进行辩护、依法提出上诉或申诉等途径来维护自身合法权益。以下为详细分析：

核心前提

报关员在代理出口业务中，因工厂骗税行为被牵连，在不知情的情况下被拘留并面临判刑，报关员认为自身不应承担相应法律责任，想要寻求解决途径。

具体分析

1. 收集证据证明自身不知情
   • 报关员需要积极收集能够证明自己对于工厂骗税行为不知情的相关证据。例如，与工厂沟通的记录，包括邮件、短信、聊天记录等，若其中没有涉及任何关于骗税的暗示、指示或讨论内容，可作为证明不知情的有力证据。
   • 工作流程记录也很关键，如报关操作的规范流程文件、按照正常程序进行报关的记录等，表明自己只是按照常规流程完成工作，没有参与骗税的故意和行为。
   • 还可以寻找证人，如同事、其他合作方等，若他们能够证明报关员在日常工作中没有表现出与骗税相关的异常行为或言论，也能辅助证明其不知情。
2. 委托律师进行辩护
   • 报关员或其家属应尽快委托一位有丰富刑事辩护经验的律师。律师可以根据收集到的证据，结合相关法律法规，为报关员制定合适的辩护策略。
   • 在刑事诉讼的不同阶段，律师都能发挥重要作用。在侦查阶段，律师可以会见报关员，了解案件情况，为其提供法律咨询和心理支持，同时向侦查机关提出取保候审等申请；在审查起诉阶段，律师可以查阅、复制案卷材料，与检察官沟通，提出辩护意见，争取不起诉或量刑建议的减轻；在审判阶段，律师会在法庭上为报关员进行辩护，维护其合法权益。
3. 依法提出上诉或申诉
   • 如果报关员已经被判刑，但认为判决不公，认为自己确实不知情，不应当承担刑事责任，可以在法定期限内依法提出上诉。上诉是被告人对一审判决不服，向上一级人民法院请求重新审判的权利。上诉法院会对案件进行全面审查，包括事实认定和法律适用等方面。
   • 若上诉期已过，判决已经生效，报关员发现新的证据或认为原判决存在错误，还可以依法提出申诉。申诉是当事人及其法定代理人、近亲属对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误而向人民法院或者人民检察院提出的要求重新审查处理的诉讼行为。不过，申诉的难度相对较大，需要有充分的理由和证据支持。