报关员在不知情的情况下因工厂骗税被拘留，是否会被罚款或判刑需根据其主观明知程度、客观行为及证据情况综合判断，具体分以下两种情况分析：
若报关员确实不知情，且无共同犯罪故意
根据《刑法》第204条，骗取出口退税罪需以“故意”为主观要件。若报关员仅按工厂要求完成报关手续，对货物真实情况、退税资料虚假性完全不知情，且无证据证明其参与伪造单证、虚构交易等行为，则不构成共同犯罪。
- 行政处罚可能性：若报关行为存在程序瑕疵（如未严格审核单证），可能因违反《海关法》第86条被处以警告或罚款，但与骗税行为无直接关联。
- 刑事责任排除：因缺乏主观故意，不构成骗取出口退税罪的共犯，无需承担刑事责任。
若报关员存在“应当知情”或“疏忽大意”的情形
若报关员在履行职责时未尽到基本审核义务（如对明显异常的货物价格、数量、单证等未提出质疑），或通过经验应发现虚假信息却未核实，可能被认定为“过失”或“间接故意”。
- 刑事责任风险：若证据显示其“应当知情”却放任，可能被认定为共同犯罪的帮助犯，以骗取出口退税罪的从犯论处，根据《刑法》第27条，可从轻或减轻处罚（通常为3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金）。
- 行政处罚与刑事处罚并存：若行为同时违反《海关法》和《刑法》，可能面临行政罚款（如没收违法所得、罚款）与刑事处罚（如有期徒刑、罚金）的并处。
关键证据与应对建议：
- 证据收集：报关员需证明自身无主观故意，如保留与工厂的沟通记录、报关资料审核记录、对异常情况的质疑记录等。
- 法律程序：若被拘留，应立即委托律师介入，申请取保候审，并通过律师向侦查机关提交无罪或罪轻的证据材料。
- 合规建议：报关员应严格审核单证真实性，对异常交易（如价格明显偏离市场、货物与申报不符等）拒绝操作并上报海关，避免卷入刑事风险。
总结：报关员是否被罚款或判刑，核心在于其主观是否知情及客观是否参与骗税行为。若完全不知情且无过错，通常仅承担行政责任；若存在过失或间接故意，可能面临刑事处罚。建议立即委托律师介入，通过证据固定和法律程序维护权益。