结论：根据您描述的情况，合同约定一年期限但设定了三个月试用期，且第三个月已按转正后工资发放，用人单位一般无需再额外支付费用，但需确保试用期约定合法，否则可能面临法律风险。以下从不同角度为您详细分析：
一、试用期约定的合法性
试用期期限限制：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条，劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月。您合同中约定的一年期限却设定了三个月试用期，超出了法定上限，因此，超出部分的约定是无效的。
试用期工资标准：
- 试用期工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。您提到第三个月已按转正后工资发放，这符合法律规定，且体现了用人单位对试用期员工权益的保障。
二、已按转正后工资发放第三个月的法律后果
视为自动转正：
- 既然第三个月已按转正后工资发放，可以视为用人单位已默认员工转正，无需再额外支付费用或进行其他形式的确认。但这一行为并不能改变试用期约定本身违法的事实，只是在实际操作中，用人单位以实际行动纠正了部分违法情形。
法律风险规避：
- 用人单位应尽快与员工协商，修改劳动合同中关于试用期的条款，确保符合法律规定。同时，对于已按转正后工资发放的第三个月，无需再要求员工返还或进行其他处理，但应保留相关证据，以备不时之需。
三、若用人单位坚持要求额外支付或处理
员工权益保护：
- 若用人单位以试用期约定为由，要求员工返还第三个月已发放的转正后工资差额或进行其他处理，员工有权拒绝。因为试用期约定违法，且用人单位已以实际行动（按转正后工资发放）认可了员工的转正身份。
法律途径解决：
- 若双方因此产生争议，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。劳动监察部门或仲裁机构将依据法律规定，对试用期约定的合法性进行审查，并作出公正裁决。
四、建议与总结
对用人单位的建议：
- 用人单位应严格遵守法律规定，合理设定试用期期限和工资标准。对于已存在的违法试用期约定，应及时与员工协商修改，避免法律风险。
对员工的建议：
- 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于试用期的约定。若发现试用期约定违法或不合理，应及时与用人单位沟通协商，或向相关部门投诉举报。
总结：虽然您合同中试用期约定违法，但用人单位已以实际行动（按转正后工资发放第三个月）认可了您的转正身份。因此，无需再额外支付费用或进行其他处理。但用人单位应尽快修改合同条款，确保合法合规。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。