政府机关直接与驾驶员签订聘用合同，在符合相关法律法规和程序要求的情况下，是合法的。以下从不同角度进行分析：
一、法律框架下的合法性分析
《中华人民共和国劳动合同法》的适用：
- 政府机关作为用人单位，与劳动者（包括驾驶员）建立劳动关系时，应当遵循《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。
- 该法并未禁止政府机关直接与劳动者签订劳动合同，只要合同内容合法、双方自愿，且符合法定程序，即具有法律效力。
政府机关的用人自主权：
- 政府机关在法律法规允许的范围内，享有用人自主权，可以根据工作需要，直接招聘并签订聘用合同。
- 这种自主权体现在对招聘条件、招聘程序、合同内容等方面的决定权上，但必须遵守相关法律法规，不得侵犯劳动者的合法权益。
二、实际操作中的注意事项
合同内容的合法性：
- 政府机关与驾驶员签订的聘用合同，应当明确双方的权利和义务，包括工作内容、工作地点、工作时间、薪酬待遇、社会保险等。
- 合同内容不得违反法律法规的强制性规定，如不得约定试用期超过法定时限、不得约定低于最低工资标准的薪酬等。
招聘程序的合规性：
- 政府机关在招聘驾驶员时，应当遵循公开、公平、公正的原则，通过合法途径发布招聘信息，接受社会监督。
- 招聘程序应当包括报名、资格审查、考试或考核、体检、公示等环节，确保招聘过程的透明度和公正性。
社会保险的缴纳：
- 政府机关作为用人单位，应当依法为驾驶员缴纳社会保险费，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
- 这是政府机关作为用人单位的法定义务，也是保障驾驶员合法权益的重要措施。
三、可能存在的法律风险及防范
合同纠纷风险：
- 如果合同内容存在瑕疵或不明确之处，可能引发合同纠纷。因此，在签订合同时，应当确保合同内容明确、具体、无歧义。
- 一旦发生合同纠纷，双方应当通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决，避免矛盾激化。
劳动保障风险：
- 政府机关应当依法保障驾驶员的劳动权益，如提供安全的工作环境、合理的薪酬待遇、必要的劳动保护等。
- 如果政府机关未履行劳动保障义务，可能面临劳动保障监察部门的处罚或劳动者的诉讼。
建议：政府机关在直接与驾驶员签订聘用合同时，应当严格遵守相关法律法规和程序要求，确保合同的合法性和有效性。同时，政府机关也应当加强内部管理，完善招聘程序，保障驾驶员的合法权益。如果您在政府机关与驾驶员签订聘用合同的过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。