针对企业员工收回扣但未影响公司利益的情况，处理方式需结合具体情节与法律规定综合判断，以下是详细分析：

1. 收回扣行为本身的违法性
   根据《中华人民共和国刑法》第一百六十三条，非国家工作人员受贿罪的构成要件为“利用职务上的便利，索取他人财物或非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大”。

   • 关键点：即使未实际损害公司利益，只要员工收受回扣并利用职务便利为对方谋取利益（如优先合作、放宽条件等），即可能构成犯罪。
     
   • 例外情形：若回扣金额极小（如数额未达当地刑事立案标准，通常为6万元以上），或员工未为对方谋取利益（如单纯收受但未实际帮助），则可能不构成犯罪，但仍可能违反公司规章制度。

2. 公司内部处理措施

   • 调查取证：公司应首先通过审计、监控、证人证言等方式固定证据，确认回扣事实、金额及员工行为是否违反公司《员工手册》或《廉洁协议》。
     
   • 制度依据：若公司规章制度明确禁止收受回扣（如规定“收受财物超过一定金额即解除劳动合同”），可直接依据制度处理，通常为解除劳动合同且无需支付经济补偿。
     
   • 程序合规：处理需遵循《劳动合同法》第三十九条，确保程序合法（如提前通知工会、允许员工申辩等），避免因程序瑕疵被认定为违法解除。

3. 刑事报案与民事追责

   • 刑事报案：若回扣金额较大（达刑事立案标准），公司可向公安机关报案，追究员工刑事责任。同时，公司作为被害人可提起刑事附带民事诉讼，要求返还财物或赔偿损失。
     
   • 民事追责：即使未达刑事标准，公司也可依据《民法典》第一百七十九条，以“侵犯公司财产权益”为由起诉员工，要求返还回扣并赔偿损失（如因员工行为导致的合作机会丧失等间接损失）。

4. 特殊情形处理

   • 员工主动退还：若员工在调查前主动退还回扣并承认错误，公司可酌情减轻处罚（如降职、扣发奖金），但需保留书面记录以备后续争议。
     
   • 管理层参与：若涉及管理层或多人串通，可能构成“非国家工作人员受贿罪的共同犯罪”，需一并追究责任，并审查公司内部监管漏洞。

建议行动步骤：

1. 立即暂停涉事员工职务，封存相关业务记录；
   
2. 委托律师或内部审计部门调查取证，固定证据链；
   
3. 根据调查结果，选择内部处理（解除合同）或刑事报案；
   
4. 完善公司合规制度，加强员工廉洁培训，预防类似事件。
   

风险提示：若公司明知员工收受回扣却未采取措施，可能被认定为“默许腐败”，甚至面临行政处罚（如税务机关查处商业贿赂）。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。