政府采购合同签订补充合同后，付款方式能否改变需视具体情况而定，并非绝对禁止，但需严格遵循法律规定并谨慎操作。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与原则

1. 《中华人民共和国民法典》：该法典明确规定，当事人协商一致可以变更合同，这为合同变更提供了基本的民事法律基础。在政府采购合同中，如果双方能够就付款方式的变更达成一致，且该变更不违反法律法规的强制性规定，那么这种变更是可能的。
2. 《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例：这些法规要求招标人和中标人需按照招标文件和中标文件订立书面合同，且不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。付款方式作为合同的重要条款，其变更可能构成对合同的实质性变更，因此需特别谨慎。

二、付款方式变更的性质与风险

1. 非实质性变更：如果付款方式的变更未对招标人与中标人的基本权利义务造成实质影响，例如仅调整付款时间而不改变总金额或支付比例，那么这种变更可能不被视为实质性变更。在此情况下，双方可以通过协商一致签订补充协议进行变更。
2. 实质性变更：如果付款方式的变更直接影响了当事人的基本权利，如显著延长支付期限或改变支付比例，导致一方利益受损，那么这种变更很可能被视为实质性变更。对于实质性变更，通常需要重新组织招标或经原招标审批部门批准后方可实施，否则可能面临法律风险和合同无效的风险。

三、合法变更的程序与要求

1. 沟通与协商：在变更付款方式前，双方应进行充分的沟通和协商，确保达成一致意见，并明确变更的具体内容、生效时间等关键条款。
2. 签订补充协议：如果确需变更付款方式，应签订书面补充协议，并由双方签字盖章确认。补充协议的内容应清晰、具体、无歧义，且不得违背原招标文件和投标文件的实质性内容。
3. 寻求法律意见：在变更过程中，建议寻求专业法律人士的帮助，以确保变更的合法性和有效性，避免因违法变更导致合同无效或引发法律纠纷。
4. 特殊情况的审批：对于因不可抗力等不可预见、不可避免的客观原因导致原付款方式无法执行的情况，应及时向原招标审批部门报告并申请批准变更。

四、实务操作建议

1. 谨慎评估变更性质：在变更付款方式前，应充分评估变更的性质和风险，确保符合法律规定和招标程序要求。
2. 保持沟通与合作：双方在变更过程中应保持沟通与合作，共同维护合同的稳定性和有效性。
3. 及时寻求法律帮助：若遇特殊情况需变更付款方式，应及时寻求法律帮助并确保变更的合法性和有效性。

总结来说，政府采购合同签订补充合同后能否改变付款方式，取决于变更的性质和风险。如果变更不构成实质性变更，且双方协商一致并签订了书面补充协议，那么这种变更是可能的。然而，如果变更构成实质性变更，则需要重新组织招标或经原招标审批部门批准后方可实施。因此，在处理此类问题时，建议双方谨慎评估变更的性质和风险，并寻求专业法律人士的帮助以确保变更的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。