结论：政府采购项目在合同履行过程中能否变更付款方式需分情况讨论，具体取决于变更的性质、合同约定及法律程序是否完备。

1. 合同明确约定变更条款时
   若政府采购合同中已明确约定付款方式变更的条件、程序及责任（例如因不可抗力、政策调整或双方协商一致），且变更内容不违反法律强制性规定，则可通过补充协议或法定程序调整付款方式。
   法律依据：根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可变更合同；第五百四十四条明确，变更内容应符合法律规定。

2. 合同未约定但符合法定变更情形时
   若合同未约定变更条款，但出现法定变更事由（如项目重大调整、政策变化导致原付款方式无法履行），可依据《政府采购法》第四十九条或第五十条，通过补充合同或法定程序变更付款方式。
   注意：需确保变更不损害国家利益、社会公共利益及第三方合法权益，且变更程序需公开透明（如报财政部门备案）。

3. 禁止擅自变更的情形
   若付款方式变更未满足以下条件，则可能构成违法：

   • 未协商一致：单方强制变更付款方式，违反《民法典》第五百四十三条；
     
   • 未履行法定程序：如未报财政部门审核或未公开变更信息，违反《政府采购法》第三十七条；
     
   • 损害公共利益：如通过变更付款方式规避财政监管或转移资金风险。

实务建议：

• 变更前应审查合同条款及法律规范，确保变更合法合规；
  
• 变更过程需留存书面证据（如会议纪要、补充协议），避免后续纠纷；
  
• 若涉及重大变更，建议提前与财政部门沟通，确保程序合规。
  

如有具体案例或合同条款需分析，可直接向我咨询。