结论：员工年度工时不够，公司扣除底薪折算是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若劳动合同或公司规章制度有明确规定且不违反法律法规，公司扣除底薪折算可能是合法的；但若缺乏合法依据或违反法律法规，则不合法。
分析说明：
劳动合同与规章制度：
- 合法情形：如果劳动合同中明确约定了工时与薪资的挂钩方式，或者公司规章制度中详细规定了年度工时不足时底薪的折算方法，并且这些规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么公司按照约定或规定扣除底薪折算，可能是合法的。
- 不合法情形：如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定，或者规定的内容违反了国家法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么公司扣除底薪折算的行为则可能不合法。
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，劳动者享有获得劳动报酬的权利，且劳动报酬不得低于当地最低工资标准。如果公司扣除底薪折算后，员工的实际工资低于最低工资标准，那么这种行为显然是不合法的。
- 此外，如果公司扣除底薪折算的方式或比例不合理，严重损害了员工的合法权益，也可能构成违法行为。
实际操作中的合理性：
- 即使劳动合同或公司规章制度中有相关规定，公司在实际操作时也应遵循合理性原则。例如，扣除底薪折算的比例应合理，不能过高；扣除前应与员工进行充分沟通，确保员工了解并同意等。
- 如果公司未遵循合理性原则，导致员工权益受损，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
法律建议：
- 对于员工：如果遇到公司扣除底薪折算的情况，首先应查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定。如果认为公司的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商；协商无果的，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 对于公司：在制定劳动合同和公司规章制度时，应明确工时与薪资的挂钩方式，并确保这些规定不违反国家法律法规的强制性规定。在实际操作时，应遵循合理性原则，确保员工的合法权益不受损害。
可能后果：
- 如果公司扣除底薪折算的行为被认定为不合法，公司可能需要承担补发工资、支付赔偿金等法律责任。
- 如果员工因此提起劳动仲裁或诉讼，公司还可能面临声誉受损等不利后果。
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