公司扣员工底薪是否合法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下属于违法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。底薪作为工资的基本组成部分，同样受到这一法律原则的保护。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同明确约定了基础底薪的金额及支付方式，且用人单位没有合理合法的理由就擅自扣减基础底薪，这种行为是违法的。因为劳动合同具有法律效力，双方都应当按照合同约定履行各自的义务。
二、存在合法扣减的特殊情形
尽管一般情况下不得扣减底薪，但在以下特殊情形下，公司扣发底薪具有一定的合理性：
代扣代缴费用：
- 如社保、个税等，这是公司依法履行的义务，可以从员工的工资中扣除相应的费用。但需注意，这些扣除必须基于法定规定，且扣除的金额和比例需符合相关法律法规的要求。
员工个人原因造成损失：
- 如果因员工本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地的最低工资标准。例如，员工因疏忽导致公司财产损失，公司可以根据损失情况，在符合上述限制的前提下，从员工工资中扣除相应赔偿。
- 员工请事假等未提供正常劳动的情况下，用人单位可以不支付事假期间的工资，这相当于扣减了基础底薪中对应比例的部分。但需注意，这种扣减应基于公司合理的规章制度，且已向员工公示告知。
符合规章制度规定：
- 用人单位有明确、合理且经过民主程序制定并向劳动者公示的规章制度，其中规定了某些情形下可以扣减基础底薪，并且该扣减行为符合规章制度的具体规定。例如，规章制度明确规定员工连续旷工一定天数将扣减一定比例的基础底薪。但用人单位需承担举证责任，证明规章制度的制定程序合法、内容合理且已向劳动者公示。
三、员工权益保障
如果员工认为用人单位扣减基础底薪的行为违法，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
协商沟通：
- 首先与用人单位协商沟通，要求其说明理由并纠正错误做法。这是解决争议的最直接方式，有助于双方达成和解。
投诉或仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。劳动监察部门会对公司的扣钱行为进行调查，并根据调查结果作出相应处理。劳动仲裁机构则会依法进行裁决，保障员工的合法权益。
举例说明：
- 假设某员工与公司签订的劳动合同中明确约定了基础底薪为5000元/月。若公司无故扣减该员工底薪，则构成违法。员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可通过协商、投诉或仲裁等途径来维护自己的权益。
- 若该员工因个人原因（如事假）请假，且公司规章制度中明确规定了事假期间的工资扣减标准，且该标准符合法律法规的要求。那么，公司按照规章制度扣减员工事假期间的工资，则属于合法行为。
总结与建议：
- 公司扣员工底薪的合法性取决于具体情况。员工应当了解自己的权益和公司的规章制度，以便在必要时采取适当的措施维护自己的合法权益。
- 若员工对公司的扣钱行为有异议，建议首先与公司进行沟通协商，了解扣钱的具体原因和依据。若协商无果，再考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在日常生活中，员工也应保留好与工资相关的证据材料（如工资条、劳动合同等），以便在发生争议时能够提供有力的证据支持自己的主张。
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