在执行程序中，若双方当事人达成执行和解协议，处理方式需根据协议履行情况及法律规定分情况讨论，具体如下：

1. 协议履行完毕的法律后果
   若被执行人按和解协议完全履行义务，执行程序将依法终结。根据《民事诉讼法》第2六十四条，执行法院会制作结案通知书并送达双方，此时原生效法律文书确定的义务视为履行完毕，申请人不得再以同一事实申请恢复执行。需注意，若协议约定分期履行且最后一期未到期，在全部履行前执行程序仅中止而非终结。

2. 协议未履行的处理路径
   若被执行人未按协议履行，申请人享有两种救济选择：

   • 恢复原执行程序：根据《民事诉讼法解释》第4六十四条，申请人可向执行法院申请恢复对原生效法律文书的执行，但需在协议约定履行期限最后一日起三年内提出。恢复执行后，法院将重新采取查封、扣押等强制措施，且此前已采取的措施继续有效。
     
   • 就协议另行起诉：若和解协议具有独立给付内容（如约定违约金、赔偿损失等），申请人可直接以协议为依据提起民事诉讼。例如，双方约定”被执行人逾期付款需支付10万元违约金”，此时违约金条款构成独立请求权基础，法院将按普通民事案件审理。

3. 协议部分履行的特殊规则
   若被执行人已履行部分义务，恢复执行时需扣除已履行部分。例如，原判决确定债务为100万元，协议约定分期偿还且已履行30万元，则恢复执行标的为剩余70万元。但若协议约定”履行部分后免除剩余债务”，则需按协议约定处理，此时需审查协议是否存在显失公平等可撤销情形。

4. 协议效力瑕疵的救济
   若和解协议存在法定无效情形（如恶意串通损害第三人利益、以合法形式掩盖非法目的等），利害关系人可依据《民法典》第154条向法院申请宣告协议无效。例如，双方通过执行和解协议转移财产以逃避其他债权人追偿，此时其他债权人可提起债权人撤销权之诉。

实务建议：

• 签订和解协议时，建议明确约定”若被执行人未按期履行，申请人有权选择恢复原执行程序或就协议另行起诉”，以扩大救济渠道。
  
• 对协议履行情况建议采用书面确认方式，每次履行后由双方签署《履行确认书》，避免口头约定引发的举证困难。
  
• 若涉及大额债务，可要求被执行人提供担保（如房产抵押、第三人保证），并在协议中约定担保条款的生效条件（如需办理抵押登记）。
  

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