在执行案件中，双方达成协议的处理方式需根据协议性质及履行情况分情况讨论，具体如下：
- 达成执行和解协议
根据《民事诉讼法》第237条，执行过程中双方可自行达成书面和解协议，内容可包括变更履行标的、期限、方式等。此时需注意：
- 程序要求：协议需经法院审查确认，并记录在案。未经法院确认的和解协议不直接产生中止执行效力，但法院可依申请中止执行。
- 履行后果：
- 若债务人按协议履行完毕，法院作结案处理；
- 若债务人拒不履行，债权人可申请恢复原生效法律文书的执行（需注意和解协议已履行部分应扣除），或就履行和解协议另行起诉。
- 风险防范：建议将和解协议条款明确化，例如约定违约金、担保条款，并要求债务人提供履约保证（如物保或人保），以降低后续执行风险。
- 达成执行外和解协议
若双方未通过法院达成和解，而是私下协商一致，此时需区分两种情形：
- 债务人主动履行：若债务人按协议履行完毕，债权人可向法院提交结案申请，法院审查后终结执行程序；
- 债务人拒不履行：债权人仍需依据原生效法律文书申请强制执行，但可同时主张债务人违反和解协议的违约责任（需在协议中明确约定违约条款，否则可能面临举证困难）。
- 协议涉及第三人权益
若和解协议涉及第三人（如担保人、共同债务人），需注意：
- 程序合法性：第三人需明确同意协议内容，否则协议对其不产生约束力；
- 实体权利义务：若协议加重第三人责任（如延长担保期限、增加担保范围），需经第三人书面确认，否则可能因“加重债务人债务”被认定无效。
实务建议：
- 优先通过法院达成执行和解协议，并要求法院出具裁定书确认协议效力；
- 在协议中明确约定违约责任（如逾期履行按日支付违约金）、履约担保措施（如提供抵押物或保证人）；
- 若涉及第三人权益，务必要求第三人签署书面同意文件，避免后续纠纷；
- 协议履行过程中保留履约证据（如转账记录、交付凭证），以备后续维权使用。
如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。