在民事判决生效前当事人达成协议的，处理方式需结合协议性质、内容及与诉讼的关系综合判断，具体结论及分析如下：

1. 若协议为“诉讼和解协议”且经法院确认
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，当事人在诉讼过程中达成和解协议，可申请法院制作调解书或撤诉。若协议经法院确认并制作调解书，则调解书与生效判决具有同等效力，案件以调解方式结案，原诉讼程序终止。此时，协议内容直接成为执行依据，当事人不得就同一事项再次起诉。

2. 若协议为“庭外和解协议”且未经法院确认
   若当事人在诉讼外自行达成和解协议，但未申请撤诉或要求法院确认，则存在两种可能：

   • 协议履行后撤诉：若一方履行协议，另一方申请撤诉，法院准许后诉讼程序终止，协议效力按普通合同处理，违约方需承担合同责任。
     
   • 协议未履行且未撤诉：若一方未履行协议，另一方未撤诉，法院将继续审理原诉讼，协议内容可能作为证据影响判决结果（如证明争议事实或双方真实意思），但协议本身不直接终止诉讼。

3. 若协议内容与诉讼请求存在冲突
   需区分协议是否变更或放弃原诉讼请求：

   • 完全变更诉求：如原告在协议中明确放弃部分或全部诉求，并申请撤诉，法院审查后可能准许，诉讼程序终止。
     
   • 部分变更诉求：若协议仅调整部分内容（如赔偿金额、履行方式），未放弃核心诉求，则诉讼继续，协议可能作为调解基础或证据使用。

4. 协议效力与诉讼程序的关系
   根据《民法典》合同编，合法有效的协议对双方具有约束力。但若协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，当事人可在诉讼中主张撤销或变更协议，此时诉讼程序可能因协议效力争议而延长。

实务建议：

• 诉讼中达成协议的，建议通过法院制作调解书或申请撤诉，以固定协议效力并终结诉讼。
  
• 庭外和解的，可要求对方出具书面承诺，并保留履行证据，避免后续争议。
  
• 若协议涉及复杂法律问题（如股权转让、不动产交付），建议同步办理公证或登记手续，确保物权变动效力。

如有具体协议内容或案件细节需分析，可直接向我说明，我将结合案情提供进一步建议。