若判决尚未生效，双方在判决生效前达成还款协议，一般有以下两种处理方式及相应法律后果：

1. 向法院申请撤诉或调解结案
   若案件尚未进入强制执行程序，双方达成还款协议后，原告（债权人）可向法院申请撤回起诉，或双方共同申请法院出具调解书。调解书经双方签收后具有强制执行力，若债务人未按协议履行，债权人可直接申请强制执行，无需重新起诉。
   操作要点：需在法院规定的期限内提交书面撤诉申请或调解协议，并确保协议内容合法、明确（如还款金额、期限、方式、违约责任等）。若法院准许撤诉，案件终结；若出具调解书，则按调解书内容执行。

2. 继续履行原判决或协议，视协议性质处理
   若双方未申请撤诉或调解，但达成还款协议并实际履行，需区分协议与原判决的关系：

• 协议完全替代原判决：若协议明确约定“双方同意以本协议替代原判决”，且债务人按协议履行完毕，债权人不得再依据原判决主张权利。
  
• 协议作为补充或变更：若协议仅对原判决的履行方式（如分期还款、减免部分债务）进行变更，需经法院确认或双方书面认可，否则可能面临原判决与协议冲突的风险。
  风险提示：若协议未通过法院确认，债务人部分履行后，债权人可能仍可依据原判决申请强制执行剩余部分。建议通过法院出具调解书或补充协议明确权利义务。

实务建议：

• 优先选择通过法院程序（撤诉、调解）固定协议效力，避免后续纠纷。
  
• 协议内容需具体明确，包括还款金额、期限、方式、违约责任（如逾期利息、违约金）及争议解决方式（如仲裁或诉讼）。
  
• 若债务人未按协议履行，及时向法院申请强制执行（调解书）或恢复原判决执行（撤诉后重新起诉）。
  

法律依据：

• 《民事诉讼法》第148条（撤诉）、第97条（调解书）
  
• 《民法典》第543条（合同变更需协商一致）
  

如有具体协议条款或案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。