若在执行阶段经过协商达成还款协议，双方应按照新协议履行，同时可申请中止原执行程序；若一方不履行新协议，另一方可申请恢复执行或就新协议单独起诉。以下为详细说明：

1. 协议履行与执行中止
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，执行过程中双方达成和解协议的，法院可裁定中止执行。此时，双方应严格按照新协议履行义务（如分期还款金额、期限等）。若债务人按约履行完毕，法院将终结执行程序；若未履行，债权人可申请恢复原判决的执行。
   示例：若原判决要求一次性偿还10万元，双方协商为“每月还1万元，分10期还清”，债务人需按此履行，否则债权人可要求法院恢复执行原判决。

2. 新协议的独立性
   若和解协议对原判决内容进行了实质性变更（如减少本金、免除利息等），且债务人未按新协议履行，债权人可选择：

   • 申请恢复原执行：要求法院按原判决强制执行（如查封财产、限制高消费等）；
     
   • 就新协议单独起诉：若新协议具有独立合同性质（如明确约定违约责任），债权人可直接起诉要求债务人履行新协议或承担违约责任。
     注意：若新协议未明确放弃原判决权利，债权人通常优先选择恢复执行，效率更高。

3. 协议履行中的风险防范

   • 书面化：务必签订书面和解协议，明确还款金额、期限、违约责任等条款，避免口头约定。
     
   • 公证或法院确认：可申请对和解协议进行公证，或请求法院出具调解书，增强协议执行力。
     
   • 保留证据：保存转账记录、沟通记录等，证明己方履行情况，防止对方反悔。
     

建议：若涉及复杂债务关系或大额资金，建议在签订协议前咨询律师，确保条款合法有效，降低后续风险。如有具体协议内容或执行问题，可直接向我提问。