结论：员工在等待期内离职，股份支付的处理方式（加速行权还是作废）并非固定，而是取决于具体的股权激励计划条款以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、股权激励计划条款的约定
加速行权条款：
- 如果股权激励计划中明确规定了，在员工等待期内离职时，其未行权的股份可以加速行权，那么员工在离职时就有权按照计划中的规定加速行权。
- 这种条款通常是为了激励员工长期服务，但在某些特殊情况下（如员工因公司原因离职或达到特定业绩目标后离职），公司可能愿意给予员工加速行权的权利。
作废条款：
- 相反，如果股权激励计划中规定，员工在等待期内离职的，其未行权的股份将作废，那么员工在离职时将失去这些股份的行权权利。
- 这种条款是更为常见的做法，旨在确保员工只有在完成一定的服务期限或达到特定的业绩目标后，才能获得股份的行权权利。
二、相关法律法规的规定
- 在处理股权激励计划中的股份支付问题时，除了考虑计划本身的条款外，还需要遵守相关的法律法规。例如，《公司法》、《证券法》以及相关的股权激励管理办法等，都可能对股权激励计划的实施、股份的行权、转让等事项做出规定。
- 如果股权激励计划中的条款与法律法规相冲突，那么这些条款可能是无效的，公司需要按照法律法规的规定来处理员工的股份支付问题。
三、实际操作中的考虑因素
员工离职的原因：
- 员工离职的原因可能影响公司对其股份支付的处理方式。例如，如果员工因公司原因（如裁员、公司违约等）离职，公司可能更倾向于给予员工一定的补偿，包括加速行权或部分行权等。
- 如果员工因个人原因（如找到更好的工作机会、家庭原因等）离职，公司可能更倾向于按照股权激励计划的条款执行，即作废未行权的股份。
公司的股权激励政策：
- 公司的股权激励政策也是影响股份支付处理方式的重要因素。如果公司希望长期激励员工，可能会设置更为宽松的行权条件，包括在员工离职时给予一定的行权权利。
- 如果公司更注重短期业绩和成本控制，可能会设置更为严格的行权条件，包括在员工离职时作废未行权的股份。
建议：由于股权激励计划的具体条款和法律法规的规定可能因公司、地区、行业等因素而有所不同，因此在实际操作中，公司应仔细审查股权激励计划的条款，并咨询专业的法律顾问或律师，以确保股份支付的处理方式符合法律法规的规定，并维护公司和员工的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的解答。