结论：在“公司跟包工头有承包协议，包工头手下受伤”的情况下，责任归属需根据具体情况判断，一般可能涉及公司、包工头以及受伤员工自身三方的责任。以下从不同角度进行详细分析：
一、公司责任角度
合法分包且尽到安全保障义务：
- 若公司与包工头之间的承包协议合法有效，且公司已尽到对施工现场的安全保障义务（如提供必要的安全设施、进行安全教育培训等），则公司通常不直接对包工头手下的受伤员工承担赔偿责任。
违法分包或未尽安全保障义务：
- 若公司将工程违法分包给不具备相应资质的包工头，或未尽到安全保障义务，导致员工受伤，则公司可能需承担相应的赔偿责任。根据《中华人民共和国安全生产法》等相关法律法规，公司作为发包方，有义务确保承包方具备相应的资质和安全生产条件。
二、包工头责任角度
作为雇主的责任：
- 包工头作为受伤员工的直接雇主，通常需对员工的工伤承担主要赔偿责任。根据《工伤保险条例》等相关规定，员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应认定为工伤，由雇主承担工伤保险责任。
未履行安全保障义务：
- 若包工头未为员工提供必要的安全防护措施、未进行安全教育培训等，导致员工受伤，则包工头需承担相应的法律责任。这包括民事赔偿责任，甚至可能涉及刑事责任（如重大责任事故罪）。
三、受伤员工自身责任角度
故意或重大过失：
- 若受伤员工在事故中存在故意或重大过失行为（如违反操作规程、未佩戴安全防护用品等），则可能减轻或免除公司或包工头的部分赔偿责任。但具体责任划分需根据事故具体情况和证据进行判断。
自我保护意识不足：
- 即使员工不存在故意或重大过失行为，但若因自我保护意识不足导致受伤（如未及时报告安全隐患、未采取必要防护措施等），也可能在一定程度上影响责任划分。然而，这并不意味着员工需承担主要责任，而是作为责任划分的一个参考因素。
四、特殊情况下的责任划分
存在多层转包或分包：
- 若工程存在多层转包或分包情况，且各层承包方均未尽到安全保障义务，则可能涉及多方共同承担责任的情况。此时需根据各方的过错程度和因果关系进行责任划分。
员工与包工头之间存在劳动关系争议：
- 若员工与包工头之间就劳动关系存在争议（如是否构成事实劳动关系、是否签订书面劳动合同等），则可能影响工伤认定和赔偿责任划分。此时需先通过劳动仲裁或诉讼程序确认劳动关系，再进一步处理工伤赔偿事宜。
建议：在处理此类纠纷时，建议受伤员工及时收集并保存相关证据（如事故现场照片、医疗记录、证人证言等），以便在后续的法律程序中维护自身权益。同时，建议各方尽快协商解决纠纷，若协商不成，可依法向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。