被告当庭提交大量证据，原告申请庭后质证但庭后不质证的，主要后果是法院可能直接采纳被告提交的证据，并据此认定案件事实，这可能对原告不利。以下是对此问题的详细分析：

一、证据认定与采纳

1. 法院的审查判断：即使原告未进行质证，法院仍有职责依据法定程序，全面、客观地审核被告提交的证据。法院将依据法律规定、逻辑推理以及日常生活经验法则，对证据的真实性、关联性与合法性进行判断。例如，对于经过公证的合同或具有明显证明力的证据，法院可能会直接认可其证明力。

2. 证据可能被采信：若被告提交的证据符合法律规定的形式要件，且能够形成完整的证据链条，证明相关事实，而原告无故不质证，法院有权直接采信这些证据作为认定案件事实的根据。这可能导致原告主张的事实无法得到法院的支持。

二、案件事实认定与判决结果

1. 不利于原告查明事实：质证是当事人核实对方证据、提出质疑和反驳的关键环节。原告放弃质证权利，将难以有效揭示证据可能存在的问题，如虚假性、关联性不足等。这可能导致法院基于现有证据作出对原告不利的事实认定。

2. 可能影响案件结果与承担败诉风险：由于原告未通过质证削弱被告证据的证明力，法院在认定事实时可能更多地依据被告的证据。如果这些证据对原告不利，法院可能会作出不利于原告的判决，原告因此面临败诉的风险。败诉后，原告还需承担相应的法律责任，包括支付诉讼费用等。

三、程序影响与权利放弃

1. 不影响诉讼程序推进：原告不质证并不影响整个诉讼程序的正常进行。法院会按照既定的程序继续审理案件，直至作出最终的裁判。

2. 视为放弃质证权利：原告拒绝对关键性证据发表质证意见，法官可能会视为原告放弃质证权利。在这种情况下，法官将依法对证据进行实质性的审核和判断，而这可能并不符合原告的利益。

四、建议与应对措施

1. 积极行使质证权利：原告在民事诉讼中应当积极行使质证权利，对被告提交的证据进行认真审查并提出有效的质证意见。这是保护自身合法权益、确保案件公正审理的重要途径。

2. 委托诉讼代理人代为质证：如果原告因故不能亲自参加质证，可以委托诉讼代理人代为进行。代理人应具备相应的法律知识和诉讼经验，能够有效地代表原告进行质证。

3. 注重证据收集与保存：原告也应注重收集、保存相关证据，以便在诉讼过程中有力地支持自己的主张。这有助于平衡双方当事人的证据力量，提高原告在诉讼中的胜诉率。

总结来说，原告在被告当庭提交大量证据并申请庭后质证的情况下，如果庭后不质证，可能会面临法院直接采纳被告证据、作出对原告不利的事实认定和判决结果的风险。因此，原告应当积极行使质证权利，或委托诉讼代理人代为质证，并注重证据的收集与保存。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。