被告在原告当庭提交大量证据且庭审结束后，可采取以下措施来维护自身合法权益：

1. 及时查阅并复制证据材料：

   • 庭审结束后，被告应尽快与法院联系，要求查阅原告当庭提交的所有证据材料。这是被告了解原告主张和证据内容的基础，也是后续准备反驳和辩护的重要依据。
   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人有权查阅、复制本案有关材料和法律文书。因此，被告有权要求法院提供这些证据材料的复印件或电子版。

2. 分析证据的真实性、合法性和关联性：

   • 被告在获取证据材料后，应仔细分析每一份证据的真实性、合法性和关联性。真实性是指证据是否真实存在，是否经过篡改或伪造；合法性是指证据的收集、提交是否符合法律规定；关联性是指证据是否与案件事实有关联，能否证明原告的主张。
   • 如果发现证据存在瑕疵或问题，被告可以在后续的法律程序中提出异议，要求法院不予采纳这些证据。

3. 准备反驳和辩护材料：

   • 根据对原告证据的分析，被告应准备相应的反驳和辩护材料。这些材料可以包括书面答辩状、反驳证据、专家意见等，旨在证明原告的主张不成立或被告的抗辩理由成立。
   • 被告在准备反驳和辩护材料时，应注重证据的充分性和说服力，确保能够有效地反驳原告的主张。

4. 关注法院通知，按时参加后续程序：

   • 庭审结束后，法院可能会安排后续的庭审、调解或判决等程序。被告应密切关注法院的通知，确保按时参加这些程序。
   • 如果因特殊原因无法按时参加，被告应及时向法院申请延期或委托他人代为参加，以免错过重要的法律程序。

5. 考虑上诉或申请再审等救济途径：

   • 如果被告对法院的判决结果不服，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。这是被告维护自身合法权益的重要途径之一。
   • 在提起上诉或申请再审时，被告应准备充分的上诉理由和证据材料，确保能够有效地维护自己的权益。

额外建议：在整个过程中，被告应保持与法院的沟通畅通，及时了解案件进展和法院的要求。同时，被告也可以考虑寻求专业律师的帮助，以更好地应对复杂的法律程序和证据问题。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。