在合同纠纷中，若一方申报结算而甲方不认可，通常是由提出异议的一方（即甲方）来申请鉴定，但具体情形需结合合同约定及实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、合同有明确约定的情况

如果合同中已经明确约定了结算争议的处理方式，包括是否需要鉴定以及由哪一方申请鉴定，那么应当遵循合同的约定。例如，合同可能规定：“若双方对结算结果有争议，由提出异议的一方在收到结算报告后XX日内申请鉴定，鉴定费用由责任方承担。”在这种情况下，甲方作为提出异议的一方，就需要按照合同约定来申请鉴定。

二、合同无明确约定的情况

1. 一般原则：在合同没有明确约定的情况下，根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的精神，通常是由对结算结果有异议的一方来承担举证责任，即申请鉴定。这是因为，结算报告通常是由一方（如承包方）编制并提交给另一方（如发包方）审核的，如果发包方对结算报告有异议，那么发包方就需要提供证据来支持其异议，而鉴定就是一种有效的证明方式。

2. 实际操作建议：

   • 及时沟通：在甲方对结算报告有异议时，双方应首先进行沟通，尝试通过协商达成一致意见，避免不必要的鉴定程序和费用。
   • 申请鉴定：如果协商无果，甲方作为提出异议的一方，应及时向有资质的鉴定机构申请鉴定，并按照规定提交相关材料。
   • 鉴定费用承担：鉴定费用的承担通常根据鉴定结果来确定。如果鉴定结果支持甲方的异议，那么鉴定费用可能由另一方（如申报结算的一方）承担；如果鉴定结果不支持甲方的异议，那么鉴定费用可能由甲方自行承担。但具体费用承担方式还需根据合同约定和实际情况来判断。

三、特殊情况下的处理

在某些特殊情况下，如双方均对结算报告有异议，或者合同中存在其他特殊约定（如共同委托鉴定等），那么鉴定的申请和费用承担方式可能会有所不同。在这种情况下，双方应根据合同约定和实际情况来协商处理，或者通过法律途径解决争议。

总结与建议：在合同纠纷中，若一方申报结算而甲方不认可，通常是由甲方（提出异议的一方）来申请鉴定。但具体情形还需结合合同约定及实际情况来判断。如果双方无法协商一致，建议及时咨询专业律师或相关机构，以便更好地维护自身权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律帮助。