在合同原件对方不认的情况下，一般由提出主张的一方（通常是原告或主张合同成立并生效的一方）申请鉴定，但具体情形需结合案件实际情况和证据规则来判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、一般原则：谁主张，谁举证，谁申请鉴定
在民事诉讼中，遵循“谁主张，谁举证”的基本原则。这意味着，如果你主张合同是真实有效的，而对方否认合同原件的真实性，那么你就需要承担证明合同真实性的举证责任。在这种情况下，通常是由你（即提出主张的一方）来申请对合同原件进行鉴定，以证明合同的真实性和有效性。
二、特殊情况下的鉴定申请
对方同意鉴定或法院认为有必要鉴定：
- 如果对方同意对合同原件进行鉴定，或者法院认为鉴定对于查明案件事实、解决纠纷具有必要性，那么法院可以依职权或根据对方的申请，指定或委托具有相应资质的鉴定机构进行鉴定。
- 在这种情况下，虽然鉴定申请可能不是由你直接提出的，但你仍然需要配合鉴定工作，提供必要的证据和材料。
对方提出反证或抗辩：
- 如果对方不仅否认合同原件的真实性，还提出了反证或抗辩，如主张合同是伪造的、变造的或存在其他瑕疵，那么对方也可能需要承担一定的举证责任。
- 在这种情况下，如果对方为了支持其反证或抗辩而申请鉴定，那么鉴定申请就可能由对方提出。但需要注意的是，即使对方提出了鉴定申请，你仍然有权对鉴定过程、鉴定结果提出异议，并可以申请重新鉴定或补充鉴定。
三、鉴定申请的具体流程和注意事项
提交鉴定申请书：
- 如果你需要申请鉴定，应当向法院提交书面鉴定申请书，明确鉴定的目的、要求、鉴定事项以及待证事实等。
选择鉴定机构：
- 法院会根据案件需要和双方当事人的意见，指定或委托具有相应资质的鉴定机构进行鉴定。你也可以在法院指定的范围内选择鉴定机构，但需要确保鉴定机构具有相应的资质和信誉。
配合鉴定工作：
- 在鉴定过程中，你需要配合鉴定机构的工作，提供必要的证据和材料，如合同原件、相关交易记录、证人证言等。同时，你也需要关注鉴定过程的合法性和公正性，确保鉴定结果的真实性和可靠性。
对鉴定结果提出异议：
- 如果你对鉴定结果有异议，可以在收到鉴定报告后的一定期限内向法院提出书面异议，并可以申请重新鉴定或补充鉴定。法院会根据案件实际情况和双方当事人的意见，决定是否准许重新鉴定或补充鉴定。
四、法律建议
在签订合同时尽量保留好原件和复印件：
- 为了避免在纠纷发生时因合同原件的真实性而引发争议，建议在签订合同时尽量保留好原件和复印件，并确保复印件与原件一致。
在纠纷发生前或发生时及时咨询专业律师：
- 如果你在合同签订或履行过程中遇到了纠纷或潜在纠纷，建议及时咨询专业律师，了解你的权利和义务以及可能的法律风险。律师可以根据你的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
积极配合鉴定工作并关注鉴定过程的合法性和公正性：
- 如果需要进行鉴定，建议积极配合鉴定机构的工作，并提供必要的证据和材料。同时，也需要关注鉴定过程的合法性和公正性，确保鉴定结果的真实性和可靠性。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你在合同纠纷方面还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。