结论：针对您商铺被租户在不知情的情况下转租，且租户还欠了三年合同的情况，您可以从以下几个方面来处理：首先确认转租的合法性，其次根据转租的合法性来决定后续行动，包括与次承租人协商、解除与原租户的合同以及追讨欠款等。
分析说明：
确认转租的合法性：
- 根据《民法典》的相关规定，承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。如果承租人未经出租人同意转租的，出租人可以解除合同。因此，您首先需要确认租户在转租时是否得到了您的同意。
- 如果租户未经您同意擅自转租，那么这种转租行为在法律上是无效的，您有权要求租户立即停止转租行为，并恢复原状。
根据转租的合法性决定后续行动：
- 若转租无效：
- 您可以直接要求租户（即原承租人）承担违约责任，包括但不限于解除租赁合同、赔偿损失等。
- 同时，您也可以要求次承租人（即实际使用商铺的人）搬离商铺，恢复原状。如果次承租人拒绝搬离，您可以通过法律途径（如起诉）来维护自己的权益。
- 若转租有效（即您事先同意或事后追认了转租行为）：
- 您仍然可以要求租户履行原租赁合同中的义务，包括支付租金等。如果租户拖欠租金，您有权要求其支付欠款，并可以按照合同约定或法律规定追究其违约责任。
- 对于次承租人，由于其与您之间没有直接的租赁合同关系，您通常不能直接要求其支付租金或承担其他义务。但是，如果租户将租金支付义务转移给了次承租人，并且您同意了这种转移，那么您可以根据新的约定来要求次承租人支付租金。不过，这种情况需要您有明确的证据来证明租户与次承租人之间的约定以及您对此的同意。
追讨欠款：
- 无论转租是否有效，如果租户拖欠了您的租金或其他费用，您都有权要求其支付欠款。
- 您可以通过与租户协商、发送律师函、提起诉讼等方式来追讨欠款。在提起诉讼时，您需要提供充分的证据来证明租户的欠款事实以及您的损失情况。
行动建议：
- 收集证据：首先，您需要收集所有与租赁合同、转租行为以及欠款事实相关的证据，包括租赁合同、转租协议（如果有的话）、租金支付记录、沟通记录等。
- 与租户和次承租人协商：在收集到足够证据后，您可以尝试与租户和次承租人进行协商，寻求和解或达成新的协议。
- 寻求法律帮助：如果协商无果，或者您认为自己的权益受到了严重侵害，那么您可以考虑寻求法律帮助，包括咨询专业律师、发送律师函或提起诉讼等。
后续思考依据：
- 在处理此类纠纷时，法律程序的遵循和证据的充分性是至关重要的。因此，建议您在采取任何行动之前都先咨询专业律师的意见，并确保自己的行动符合法律规定和程序要求。
- 同时，您也需要考虑到实际执行中的可能性和难度。例如，即使您赢得了诉讼并获得了判决支持，但如果租户或次承租人没有足够的财产来执行判决，那么您可能仍然无法完全实现自己的权益。因此，在采取行动之前，您也需要对租户和次承租人的财产状况进行一定的了解和评估。
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