结论：甲方以工程施工完毕但资料未交为由不付款，是否合理需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若合同中有明确约定：
- 如果双方签订的施工合同中明确规定了工程款支付的条件，包括工程竣工验收合格且提交完整工程资料后，甲方才支付工程款，那么甲方在乙方未提交资料的情况下拒绝付款，是合理的。因为乙方未按照合同约定履行提交资料的义务，甲方有权依据合同条款行使抗辩权。
若合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定工程款支付与提交资料之间的关联，或者约定不明确，那么甲方以资料未交为由拒绝付款，可能缺乏合同依据。此时，甲方应基于工程已经竣工验收合格的事实，按照合同约定的付款方式和时间支付工程款。若甲方仍拒绝付款，乙方有权通过法律途径维护自己的合法权益。
二、法律规定角度
《民法典》相关规定：
- 根据《民法典》的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果乙方未按照合同约定提交工程资料，甲方有权要求乙方履行该义务。但是，如果甲方因此拒绝支付工程款，且该拒绝行为不符合合同约定或法律规定，那么甲方可能构成违约。
工程款支付与资料提交的关系：
- 工程款支付与资料提交通常是两个独立的义务。除非合同中有特别约定，否则一方未履行提交资料的义务，并不直接导致另一方支付工程款义务的免除。因此，甲方不能仅凭乙方未提交资料就拒绝支付工程款。
三、实际操作建议
乙方角度：
- 乙方应首先检查施工合同中关于工程款支付和资料提交的约定。如果合同中有明确约定，乙方应尽快提交资料以符合付款条件。如果合同中没有约定或约定不明确，乙方可以与甲方协商，明确资料提交的时间和方式，并要求甲方按照合同约定支付工程款。
甲方角度：
- 甲方在拒绝付款前，应仔细审查施工合同中的相关条款。如果合同中有明确约定资料提交是付款的前提条件，甲方可以要求乙方提交资料后再付款。但是，如果合同中没有约定或约定不明确，甲方应基于工程已经竣工验收合格的事实，按照合同约定支付工程款。若甲方认为乙方未提交资料给其造成了损失，可以另行主张赔偿。
进一步思考：在实际操作中，为了避免类似纠纷的发生，双方在签订施工合同时应明确约定工程款支付的条件、时间和方式，以及资料提交的要求和期限。这样可以在发生纠纷时，有明确的合同依据可供参考和执行。如果遇到复杂的工程款纠纷问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。