员工收取合同款项并未交给公司的行为，可能涉及侵占、挪用资金或职务侵占等法律问题，具体定性需根据款项性质、员工身份及行为情节等因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、行为性质初步判断
侵占行为：
- 如果员工收取的合同款项属于公司财产，且员工没有合法依据占有该款项，拒不归还，那么该行为可能构成侵占。侵占行为通常涉及非法占有他人财物，数额较大且拒不交还的情况。
挪用资金行为：
- 如果员工利用职务上的便利，将收取的合同款项挪作个人使用或借贷给他人，且数额较大、超过三个月未还，或者虽未超过三个月但数额较大、进行营利活动或非法活动，那么该行为可能构成挪用资金。挪用资金行为通常涉及对公司资金的临时使用，但意图非法占有或用于非法目的。
职务侵占行为：
- 如果员工是公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将收取的合同款项非法占为己有，数额较大，那么该行为可能构成职务侵占。职务侵占行为通常涉及对公司财物的非法占有，且数额较大，与侵占行为相似，但主体身份和职务便利是关键区别。
二、法律后果及应对措施
法律后果：
- 侵占、挪用资金或职务侵占行为均可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或罚金等。具体处罚根据行为情节、数额大小及法律规定而定。
- 除了刑事处罚外，员工还可能面临民事赔偿责任，即需要赔偿公司因行为造成的损失。
应对措施：
- 公司方面：一旦发现员工有收取合同款项未交给公司的行为，公司应立即进行调查，收集相关证据，如合同、收款凭证、员工陈述等。同时，公司可以与员工进行沟通，要求其解释行为原因并归还款项。如果员工拒不配合或行为涉嫌犯罪，公司应及时向公安机关报案。
- 员工方面：如果员工意识到自己的行为可能构成违法或犯罪，应立即停止行为，并主动与公司沟通，解释原因并寻求解决方案。如果行为已经构成犯罪，员工应积极配合调查，争取从轻或减轻处罚。
三、特殊情况考虑
- 员工身份：如果员工是公司的高级管理人员或关键岗位人员，其利用职务便利收取合同款项未交给公司的行为，可能构成更严重的犯罪，如贪污或受贿等（在特定主体如国家工作人员中）。但在此问题中，我们主要讨论的是一般员工的行为。
- 款项性质：如果收取的合同款项涉及特殊性质，如涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私等，那么员工的行为还可能涉及其他法律责任。
- 行为情节：行为情节的严重程度也是判断行为性质和法律后果的重要因素。例如，员工是否多次实施此类行为、是否涉及金额巨大、是否造成严重后果等。
温馨提示：在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，因此建议公司在遇到此类问题时，及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的应对策略。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。